南京晓庄学院的图书馆分布主要在主馆（图书馆楼）内，这座楼共四层，每一层都设有丰富的服务区域。
在一楼，总服务台位于西面，紧接着是中文图书借阅室，分为A-E大类在北侧，F大类则在南侧。二楼延续了中文图书的借阅，G、H大类在北侧，H、I大类在南侧。三楼和四楼的中文图书借阅室更为丰富，O、J大类在北三楼，K、N大类在南三楼，而P、Q、R、S大类在北四楼，U、V、X、Z大类则在南四楼。此外，东南一楼还设有采编室、外文阅览室和过刊阅览室，以及工业技术类的中文图书借阅室和新书借书处。
行知组团D楼一楼的101室是现刊和报纸阅览室，105室则是过刊仓库，104至111室的图书借阅室目前未对外开放。而在理化组团（东北部）的一楼，你可以找到图书和过刊仓库，三楼则集中了馆藏报纸和文检室仓库。
南京晓庄学院图书馆总建筑面积约12616平方米，阅览座位1300多席，年接待读者约70万人次以上。新建中的方山校区图书馆建筑面积将达34366平方米左右，年接待读者能力将达到100万人次以上。全校同时还建有16个院（系）资料室，与校图书馆一道组成学校文献服务网。