官能团是决定有机化合物化学性质的原子或原子团。例如，羟基（—OH）存在于乙醇中，羰基（如R—CO—R'）存在于丙酮中，氨基（—NH2）存在于氨气中，羧基（—COOH）存在于乙酸中，醛基（—CHO）存在于乙醛中，醚基（如CH3CH2—O—CH2CH3）存在于乙醚中，酯基（如R—CO—O—R'）存在于乙酸乙酯中，碳碳双键（如—C=C—）存在于乙烯中，碳碳三键（如—C≡C—）存在于乙炔中，肽链（如二肽）是由氨基酸通过肽键连接而成的，碳卤键（如C—X，其中X代表F、Cl、Br、I）存在于氯甲烷等中，硝基（—NO2）存在于硝基苯中，磺酸基（—SO3H）存在于苯磺酸中。
烃基是烃失去一个氢原子而形成的原子团。甲基（—CH3）和乙基（—CH2CH3）是最常见的烃基。苯环（—C6H5）通常以凯库勒结构式表示，苯甲基（苄基）为—CH2—Ph。
有机化学中的碳如果和其他原子都是以单键形式成键，那么该碳原子必定是sp3杂化。例如，乙醇中的碳是sp3杂化。然而，碳碳单键中的两个碳原子不都是sp3杂化，例如丙烯中的甲基碳是SP3杂化，其他两个碳却是SP2杂化。
在有机化学中，化合物的命名遵循一定的规则。首先看直接与立休中心连接的原子，原子序数较大的基团优先于原子序数较小的。由此可知，具有最低优先性的就是烷基取代基。
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