主流的说法是袁世凯。但有人指出袁世凯杀宋教仁并没有好处，因为只要宋教仁出事，人们第一个怀疑的就会是袁世凯，袁是不会那么愚蠢的，而且宋教仁只是总理职务，更是推崇袁世凯担任总统，袁没有理由杀他，即使袁杀了宋教仁，国民党中还有孙中山和黄兴两位人物，对国民党没有实质伤害。更有人指出杀宋教仁的很有可能是孙中山，因为宋孙不和是众人皆知的。宋教仁想实行内阁制架空总统，让总统成为成为国家的象征，这点从电影《建党伟业》中由张涵予饰演的宋教仁的台词中可以看出来。而孙中山则想要实行总统制，让总统纵览大权，成为实权人物。
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