水冲式清粪是粪尿污水混合进入缝隙地板下的粪沟，每天数次从粪沟一端的高压喷头放水冲洗的清粪方式。粪水顺粪沟流入粪便主干沟，进入地下贮粪池或用泵抽吸到地面贮粪池。该清粪方式的运行费用主要包括：水费、电费和维护费。一头猪每天需用水20～25升，电费主要来自水喷头和污水泵用电。
水冲式清粪的优点有：水冲粪方式可保持猪舍内的环境清洁，有利于动物健康。劳动强度小，劳动效率高，有利于养殖场工人健康，在劳动力缺乏的地区较为适用。
水冲式清粪的缺点在于：耗水量大，一个万头养猪场每天需消耗大量的水（200～250米3）来冲洗猪舍的粪便。污染物浓度高，COD为15000～25000毫克/升，BOD（生物需氧量）为7000～10000毫克/升，SS（悬浮固体）为17000～20000毫克/升。固液分离后，大部分可溶性有机质及微量元素等留在污水中，污水中的污染物浓度仍然很高，而分离出的固体物养分含量低，肥料价值低。该工艺技术上不复杂，不受气候变化影响，但污水处理部分基建投资及动力消耗也很高。