明太祖朱元璋为加强中央集权执政，特令锦衣卫执掌刑狱，授予巡视缉捕之权，内设镇抚司，从业侦查、拘捕、审讯主题活动，且不经司法部门。承担侦缉刑事案件的锦衣卫组织是“南北方镇抚司”。在其中“南镇抚司”承担本卫的纪律、纪律。“北镇抚司”专理皇上钦定的案子，拥有自己的牢房（诏狱），能够自主拘捕、逼供、处死，无须通过司法机构。
北镇抚司外界每日任务比较多，跑业务全国各地。北镇抚司出门特工皆为“钦差大臣”。因为北镇抚司立即向皇上承担，因而地方官员看到北镇抚司的人都是毕恭毕敬，一点不疏忽，叫法为“算差”或“钦差大臣”。明朝最有名的锦衣卫即是北镇抚司十三太保。南、北镇抚司内设五个卫所，头领官称千户、户、总旗、小旗一般士兵称之为都尉、力士，被称作“缇骑”。瞿式耜曾道：“往者魏(忠贤)、崔(呈秀)之世，凡属凶网，即烦缇骑，一属缇骑，即下镇抚，魂飞汤火，惨毒寂然，苟得一送法司，便不仅天堂之乐矣。明朝军队编制中，每一个卫下边还配有镇抚司，承担本卫内部结构的刑名(司法部门事务管理)。
明太祖朱元璋改设锦衣卫后，遇办要案，通常不经过刑部，立即交到锦衣卫镇抚司。镇抚司一时势力赫赫的，恣意枉法，以至明洪武二十年皇上下诏“悉焚卫刑器，以囚送刑部案件审理 ”。锦衣卫中真的具备特务机构作用的是北镇抚司。锦衣卫与永乐帝开设的特务机构“东厂”(明宪宗、明仁宗年里还加设过西厂)合称“厂卫”，这就是大家印象中做为特务机构的锦衣卫的来历。尽管锦衣卫指挥使是引领全部锦衣卫的较大官衔，正三品官职，而执掌"北镇抚司"单位的镇抚使仅仅从四品。
可是镇抚使却能够越多级别立即向皇上汇报，由此可见，在锦衣卫的单位里，并不是看谁的宫职大，反而是看谁执掌着"北镇抚司"。能执掌"北镇抚司"得人，才算是全部锦衣卫的具体领导人员！永乐皇帝明成祖开创了北镇抚司，他曾让自身的儿子朱高燧执掌这一单位。可是事实上，全部北镇抚司的工作中全是明成祖分配的，而他的儿子只不过是挂靠的背黑锅而已。因为北镇抚司外界每日任务比较多，跑业务全国各地。北镇抚司出门特工皆为"钦差大臣"。因为北镇抚司立即向皇上承担，因而地方官员看到北镇抚司的人都是毕恭毕敬，一点不疏忽，叫法为"算差"或"钦差大臣"。