一开始，我们见到的是今次黑白的舞台伊修地方的博士
她向我们介绍了PM是什么，相信大家都知道了吧。和前作没什么两样，是和我们一起战斗一起游玩的生物。
之后，就轮到选择我们的主角了。有男女两种选择，之后便是设定名字，输入完毕后，会介绍本作的两位劲敌，贝鲁（女）和切雷恩（男）。之后便正式进入游戏。
一开始主角在房间里，两位劲敌会走进来。之后会和主角说起关于博士送的礼物的事。礼物上的信写着，从三只PM中选择一只！之后打开礼物。
这里笔者选择了火猪。
随后两位劲敌也选择了PM，好战的贝鲁主动要求与主角对战。她使用的是被主角选择的初始PM克制的那只（Lv5)。
无论战斗胜负（胜利就得到500，败北的话。。呵呵。。），因为精灵对战，房间里乱得不成样子（。。。）。然后切雷恩帮助主角和贝鲁的PM回复HP。
之后与切雷恩对战，他使用的PM是克制主角选择的初始PM的那只（Lv5)。
战斗后（胜利得到500）因为妈妈的呼喊，两位劲敌下楼，跟着下楼吧。
原来楼下的妈妈听到了精灵对战的声音，便喊三人下来，之后三人才想起去研究所的事情。两位劲敌走后，妈妈会帮主角的精灵回复体力。
之后得到视频功能！然后离开自己家。
从自己家出来后看到贝鲁急匆匆的离开。去贝鲁的家（左边），一进去就看到贝鲁对自己父亲表示要成为伟大的精灵训练师。之后贝鲁往外走的时候看到了主角，说了“没关系的，没关系”，便离开了。（小光你跑错世代了。。）
之后往博士的研究所（最上面）进发，看到门口立着的两位劲敌，和切雷恩说话，一起进去见博士。
进去后博士向三人打招呼，正要自我介绍的时候，切雷恩却说出了她的名字，博士大囧。。之后她重新介绍了自己，是为了研究精灵诞生和起源的博士。
随后，她说PM是值得信赖的一起战斗的伙伴，并且问你要不要给初始PM取名字。（这里随意）
不管你说什么名字，她都会说是个好名字的。。。
接着她说到了PM图鉴，对此贝鲁表示疑惑不解，博士做出了解释。PM图鉴是能自动记录遇到的PM资料的道具。主角等三人要为了精灵图鉴的完成而踏上冒险之旅。这里选否的话会无限问你。。老实选是吧。
在此之后，博士会说要教大家遭遇野生PM的方法，要大家来1号道路等她，之后离开了研究所。两位劲敌为之后如何冒险议论纷纷。
离开博士的研究所，两位劲敌也会一起出来。主角的妈妈正在门口等着主角，她会赞赏主角接受了博士完成PM图鉴的愿望。（我是被迫的。。TAT)把小镇地图给了主角等3人。
之后妈妈鼓励主角在伊修地方尽情地冒险，便离开了。两位劲敌也去1号道路找博士了。
往右，再往上去镇子，和两位劲敌一起去1号道路吧！
博士会在那等着，告诉众人PM图鉴会自动记录遇到的PM，如果能捕获PM能得到更详细的信息。之后便是一场演示的捕捉精灵的过程。
随后主角得到5个精灵球，博士离开。两位劲敌发下了竞争宣言后也跟着离开了。
之后往上走，到下一个城市前面。两位劲敌就在那等着你，问你抓住了多少PM。不过，数目并不影响什么剧情。（就算抓一只也可以）然后博士用视频功能叫大家去精灵中心。
进入下一个城市，到精灵中心门口（出镇的路被2个怪人拦住了），发现两位劲敌正等着你。进去后博士在里面，会介绍精灵中心的功能，之后和上面的乔伊晓姐说话恢复PM的HP.
然后是介绍左边的储存PM的电脑，以及右下的道具店（道具店和精灵中心合体了。。）
整备完毕后，出门往左，和切雷恩对话，会发现左边有个老怪人在一群怪人（。。）的簇拥下来发表演讲。那个老怪人自称是等离子团的，说了一堆关于如何对待PM的话，之后就走了。
主角和劲敌才不会被他洗脑呢，但是这时候就跑过来一个被洗脑的人，他的名字叫N。他会说PM根本不需要精灵球来束缚行动，和主角展开对战。使用PM为Lv7的No.015.打败他后他很失望地离开了。从左边离开镇子吧。
出镇收到妈妈的视频来电，之后妈妈出现在自己身后（好快。。）给了你跑鞋，按住B可以跑得更快，在室内也有效。
这里开始会出现训练家，被他们视线看到会强制展开PM对战。
到下一个镇子，门口看见贝鲁，她会要求和主角对战，使用PM为Lv7的No.12和Lv.8的被克制的主角PM。
到道馆（精灵中心右边）会看见门被挡住了，先去当地的精灵学院（精灵中心左边）吧。
和切雷恩（最里面的）对话完毕，会要求和主角对战。使用PM为Lv8的No.15和Lv.8的被克制的主角PM。
接着在右边的道馆，与门口的馆主对话后他会进去。进入道馆后可以得到一个恢复50HP的苏打水。注意踩的地板顺序，为火（红色，克草）和草（绿色，克水)和水（蓝色，克火）。本作馆主前的的普通训练师都很强，小心对付。
到最深处和馆主对话，会分出3个人。。和最前面那个人（使用PM属性克制你的初始PM对话）。。开战！
使用PM为Lv12的No.12，和Lv.14的克制你初始PM的猴子（No.17,19,21中的一只)。建议锻炼自己的初始PM等进化了再对战。（火猪Lv17进化。。）
战胜他后得到徽章！可以控制交换得到的Lv20以下的PM.得到83号技能机器！效果攻击特攻都上升一级。（双刀用强化技能？另外本作的技能机器都可以无限使用。)
出门后见到一位女研究员，被她带进右边的房子。原来她是博士大学时的朋友，得到秘传机器01。可以砍伐掉路上的小树木了。
往右出门，可以到达一个叫梦之迹地的地方。进入后不久一处破墙边的树木可以砍伐掉。之后贝鲁出现，问你是否来找不可思议的PM，就进去了。
进入那里后听到PM的叫声，赶快过去看看。会看到一只PM（No.23)，之后跟着它跑的时候，等离子团的喽啰出现（衣服好没品。。），想抓它，依靠它进化后放出的瓦斯催眠人们来操纵人心，实现“使所有PM自由”的目的。一言不合，开打！
2连战，使用PM为Lv.10的No.10，以及Lv.10的No.15。战胜他们后，他们还尝试抓捕，这时候等离子团的头目出现（分身了！？），两个喽啰怕被处罚逃走了。之后头目也消失了。
然后那只PM的亲人来找它，女研究员也赶来，它们丢下一样道具离开了。女研究员捡起那个道具，要主角来她的家。跟着过去吧。
在那儿可以获得C-GEAR。（终于有电子表功能了。。）点画面右下的电源键可以启动它。（是一种通信功能）之后旁边的女孩会给你WI-FI好友本。
梦之迹地的道路暂时无法继续前进，从左边出镇子去3号道路吧。跑不久就会发现饲育屋，可以寄放PM使它们自己升级，更可以培育出PM的蛋。
往左走，切雷恩会拦住你。对战！使用PM为Lv.14的克制你的主角PM和Lv.12的No.15。
打败他后2个等离子团的喽啰急匆匆逃过，发生了什么事？之后贝鲁和一个孩子跑过来，原来孩子的PM被等离子团的抓走了。切雷恩表示要去追回孩子的PM之后往前去了。
往前走，会看到一个洞穴，切雷恩在门口。他说看来那2个喽啰跑进洞穴中了。PM准备完毕后（选是），追上去！
在地下水脉洞穴，进去就能看到切雷恩和2个等离子团的喽啰。他们还大放厥词说小孩子不适合用PM，开战！使用PM为Lv.12的No.10。
打败喽啰后，切雷恩要求把孩子的PM还回来。这时候突然传来“没有还的必要!!”的吼声，原来又来了2个等离子团的喽啰。
双打对战！切雷恩会帮你的忙，他使用的PM是前一战的PM。等离子团使用2只Lv.12的No.10.打败他们后就会把孩子的PM归还。
之后跟着切雷恩出洞，去前面和他对战的那里。贝鲁和孩子表示感谢，同时孩子送你一个治疗球。往下前进遇到切雷恩，他会告诉你颜色很浓的草里会同时出现2只PM，要注意。往下左前进去下一座城市吧。
在下一座城市 进去后就会碰到切雷恩。他会带你到精灵中心，告诉你馆主使用的是普通系PM用格斗系PM会比较有利，并且给你醒睡果。
往上走到博物馆门口，遇到N，他依然固执地想要宣传自己的思想。对话后选是再次开战！使用PM为Lv.13的No.57,No.41,No.38。打败他后他会离开，并且说出他的目标是伊修地方传说中的PM，赛克罗姆（黑版）/雷吉拉姆（白版）
进入博物馆看到一个人正看着一座巨大的快龙的骸骨化石。那人表示自己是这座博物馆的副馆长。
然后他会给你看化石蝎的化石，一块陨石，和沙漠附近发现的石头。最后他会带你到一个门前说这是道馆。进去挑战吧！一进去还是会得到一瓶苏打水。
这个道馆内要翻阅书本来找到馆主。顺序是左下柜子椅子上面那一本→左中柜子椅子上面那一本→左上柜子上那个女研究员（对话选是，开战）（居然是机关车。。）→右下柜子椅子上面那一本→右中柜子椅子上面那个女生（会开战）→之后柜子移开现出密道，进入后和馆主开战！
使用PM为Lv.18的No.13,Lv.20的No.11。打败她后获得徽章，之后突然听见“妈妈——！！”副馆长跑进来了。（原来是母子关系。。）原来是等离子团前来入侵，一起出去会会他们吧。
出门后发现等离子团的一群人把快龙骸骨的头部抢走了，追上去！出去看到馆主的同时会同时看到另外一个道馆的馆主，两位劲敌也会赶到。
从贝鲁手里得到道具探索器！之后劲敌们负责守护博物馆，2位馆主各自分头离开。往左边走遇到另一位馆主，看来等离子团逃进了森林中。有2条道路，馆主负责上面的道路，主角就往左边进发吧！
路上会遇到几个喽啰，打败它们！（怎么本作的精灵护林员变忍者了。。喜欢躲在绿色泥丸里，打败三个用三种属性猴子的人后能得到3种果实）
打败第四个喽啰后夺回快龙的头骨，然后等离子团的一个被称为七贤者之一的干部出现接走那喽啰，想要为他报仇，两位馆主的出现使他放弃了这个想法而丢下威胁的话离去。
临走前，普通系馆主会送给你一个月之石。从右边再往上出去吧。穿过一座雄伟的大桥（景观确实是历代最雄伟的。。）能到达新的城镇。
往最左边再往上（这个视点可能有人不熟悉。。）到道馆门前，切雷恩会从里面跑出来，说了一句话急匆匆离开。前面出现的那位虫系馆主也会从里面出来离开。跟过去。从图示地点往下。
之后会遇到贝鲁，虫系馆主和一位神秘少女爱莉丝（黑白动画女主角？暂不剧透）谈话间一个等离子团喽啰出现了。看到大家在对话就逃走了。。之后虫系馆主离开，跟着他过去道馆的方向吧！
在靠左边的街上（不是道馆里）看到3个等离子团喽啰和虫系馆主对峙。选是和一个喽啰对战。战翻这些杂鱼吧！打败他们后他们会跑去向七贤者报告，然后爱莉丝和贝鲁赶到。跟着他们进去吧！
进去看到3个等离子团的七贤者，原来他们的野心是要成为“解放”伊修大陆的英雄，所以四处演说。之后他们把No.23还给了贝鲁，便离开了。
其他三人也跟着离开，虫馆主说在道馆里等着主角。去道馆会会他吧！
蜂房一般的道馆的解谜方式是对于黄色粘液状的门，推左边→推右边→推中间！就可以过去了。
其实按下所有按钮就可以到馆主那了，但是要注意左下的那个按钮和中→右上那个门后面的按钮是个陷阱，里面是训练师，不想打请别按。那个按钮上面一个按钮还是要按的。
之后到最深处和馆主对战，使用PM为LV.21的No.50 LV.21的No.63 LV.23的No.48,打败后得到徽章和技能机器76。可控制LV40以下的交换得到PM。
出道馆后收到贝鲁的视频通信，会在4号道路等着和主角对战。往上面出镇子赴约吧。（话说那条人们跑来跑去的街异常喜感。。）
她使用的PM是Lv.18的No.13,Lv.18的No.23,Lv.20的初始PM第一进化形态（被你的初始PM克制），Lv.18的猴子（克制你的初始PM）
打败她后她就会往下离开了。从4号道路往上遇到切雷恩，对战吧！！记得前面恢复好
他使用的PM是Lv.20的No.25 Lv.22的初始PM第一进化形态（克制你的初始PM）， Lv.20的猴子（和你的初始PM同一属性）,Lv.20的No.16（注意沙暴天气）
打败他后接到博士来电，之后切雷恩离开。往上的时候注意对战的时候会出现沙暴天气。上面的No.57鳄鱼是不错的PM，建议捕捉培养。
往最上面走，到建筑物里面会看到博士和切雷恩。得到超级球。之后两人离开，前进吧。
一进去新城市就有不平事，两个等离子团的喽啰在欺负饲育屋的老爷爷，要抢走他的PM！爷爷找主角帮忙，这时候当然要见义勇为，干掉这些烦人的喽啰！
打败一个喽啰后他们会逃去游乐场。从老爷爷手里得到自行车！！哦终于不用按着B狂跑了。之后老爷爷离开。贝鲁出现，邀请主角去游乐场后离开。往上跟着去游乐园与贝鲁对话后进入。
进入后从一个老人手里得到装饰箱，可以装饰你自己的PM。之后贝鲁和老人分别离开。
出门看见贝鲁和自己的父亲在对话争论关于旅行，这时候一个金发双马尾（是我喜欢的类型哦也！）跑了过来，原来她是这里的馆主。她睡服（？）了贝鲁的爸爸支持女儿继续精灵训练师之路，之后几人离开。
往城市的右中进一个门，N在那里等着你。他会告诉你等离子团的行踪。跟着过去一起乘坐摩天轮吧！（私奔？）原来他就是等离子团之王（好弱。。）
出来后会看到几个等离子团的团员，为了保护他们，N会与你对战。使用的是Lv.22的No.57，No.67,No.65,No.60。打败他后对话会出现他的特写（抗议！）。随后他会离去。
往左边走来到道馆，挑战吧。这是个乘坐游园车的高科技道馆，一路乘缆车同时按下按钮前进便可到达最深处。然后与馆主战吧！（这馆主真像镜音铃。。）
使用的PM为Lv.25的No.93两只，Lv27的No.29。打败后得到徽章和技能72，可以控制Lv50以下的交换得到PM。接着从城市左上出去（右上路不通）。
出去后遇到切雷恩。又要对战。。我说你妹的可不可以不要整天缠着老子啊！
Lv.24的猴子（和你的初始PM同一属性），Lv.24的No.25，Lv.24的No.18，Lv.26的初始PM第一进化形态（克制你的初始PM）。
之后刚才打败的馆主出现带两人往左边走，看到一个炎发灼眼的。。爆炸头怪叔叔。他叫阿迪库，是伊修地方的冠军。之后他让两个幼儿园正太和两人对战，对方使用两只Lv.26的No.13。打败它们后馆主和切雷恩离开，跟着他们往左走会看到一座大桥。
两人分头离开，从桥上通过吧！（没前面的长。）继续往左边走，经过一座短桥看到了切雷恩和一个大叔。原来那个大叔就是这里的道馆馆主。此刻他正在追捕进入城市的等离子团。之后两人离开。
往左下的冷藏库走，往左走到里面切雷恩会追上你，从冷冻库左边的小门进去吧。（不是正门！真猥琐）
进去居然又是冰天地。。通过滑行来到达要到的地方。滑冰什么的最讨厌了。。到达图示的最深处，切雷恩会追上来，冷冻库的箱子里面有个门，从那里一起进去吧。
进入发现等离子团的喽啰们和七贤者之一，他们打算搞群殴！而主角的任务是解决一半的敌人，战吧！搞定右边4个姨妈（无误）后，馆主带着一群城管赶到，于是等离子团的团员都被带走了。（喂喂老头你也太不给力了吧！好歹是个七贤者）馆主离开前说会在道馆等着主角。
出去冷冻库后到城镇右上角的道馆，发现一群等离子团的团员以及两名七贤者堵住住了馆主。并且又宣扬什么“让精灵解放”之类的。然后他们自个离开了。
之后切雷恩赶到说了一段话就离开了，进入道馆吧！这里要使用电梯前进。顺序是下-右边那个平台-下-前面那个平台往上走过一段远路到达一个新的平台-下-三个平台，选上面那个，上-右边的平台，下。到达馆主房间！
馆主使用Lv.29的No.58,Lv.29的No.42，Lv.31的No.36。战胜后得到徽章可以控制60以上的交换得到的PM，之后馆主说会到6号道路的洞穴前等着你。
出门往左边走，贝鲁会从后面追上来对你挑战。她使用的PM是Lv.26的No.13,Lv.26的No.24,Lv.28的初始PM第一进化形态（被你的初始PM克制），Lv.26的猴子（克制你的初始PM）
打败她后拿到秘籍02飞空术！终于不用辛苦跑腿了。
继续前进，途中的研究所要你把四季鹿给你看，作用暂时不明。路上可能有些道具是No.96伪装的，往左上走到一个电气洞穴，调查黄色蜘蛛网（？）前面的馆主会出现，用No.58的碎岩术打破画着黄色蜘蛛网的石门。得到No.78技能机随后馆主离开。进去后看见N，走过去会被2个突然瞬间移动出现的怪人（白井黑子泪流满面。。）抓到了N面前，然后2个怪人瞬移消失。
和N对话后选是，N离开。往里面触碰挡路的水晶遇到贝鲁，和随后赶来的博士。从博士手里得到幸运蛋！PM带着会增加力。
可以把挡路的小水晶推向带电的大水晶以前进，有时候路上会出现沙子扬起，可以遇到野生的No.35或者拿到道具。开路后博士通过研究明白了这里100年前曾经有传说中的精灵存在。
往下走，又碰到3个瞬间移动男把你带过桥，结果发现路被堵住了，叫你往下走。继续前进，在下楼梯后往上直走会碰到一条有等离子团团员把守的通道，一直打败喽啰前进吧。最后的地区请往右打败喽啰上楼。
上楼后往左走，会看见N。与N对战吧！他使用的PM是Lv.28的No.11，Lv.28的No.105，Lv.28的No.101,Lv.28的No.103。
战胜他后博士和贝鲁赶到，博士和N辩论后N和两人纷纷离开。从右边离开去新的城镇吧。
在新城镇，往上走遇到博士和当地的馆主，会给你的PM图鉴升级，以后公母PM的外貌区别也可以记录了，还增加了检索机能。
自后两人离开，馆主要你去7号路。（记得买个挖洞绳）往右上到7号道路，注意有时候草丛会晃动，能遇到野生的No.37。这里前进的方式是走细杆，小心不要掉下去。往最上走进那座塔里。
最顶层看见馆主看着一个钟，对话后一定要记得点那个钟！！点确定摇响它，之后馆主会回去。然后飞回城，往左边有飞机跑道的地方，最上面就是道馆了。
道馆的前进方式是人间大炮（。。。）请注意从不同的方向进入发射的方向也不同。
令人头晕的发射人间大炮（中间还撞墙上了。。）后到达馆主那，馆主使用PM为Lv.33的No.34，Lv.35的No.87，Lv.33的No.27。战胜后可以获得第六枚徽章，可以控制70级以下的PM，同时得到技能机器62。
出门碰到N，他还是老样子，诉说一番自己的所求后走了。往7号道路的右边走，往上可以到一座山。正要过去，切雷恩赶到，与你展开对战。
使用Lv.33的No.27，Lv.33的猴子进化（和你开始选的PM属性一样)Lv.35的初始PM第一进化形态（克制你的初始PM）Lv.33的No.18。
打败他后发现冠军出现在山洞门口，跳下来对话后得到秘传03冲浪术。进入山洞后遇到切雷恩和第五馆主，对话后2人离开，在山洞中探索吧。
在某个地方会看到切雷恩和等离子团团员战斗，之后等离子团另一个人到来，两人离开。切雷恩说他们是被迷惑了的人。从右边出去，碰到博士，他要你去龙之塔。往上面走，恢复体力后先进入冰系道馆吧。
这里又是老样子，通过滑冰前往想要到的地方，在仓库里已经见识过了吧。注意碰到拐角会滑往旁边，按按钮就可以调整拐角的方向。
滑冰到最里面，和馆主战斗吧！他使用的PM是Lv.37的No.89，Lv.39的No.120，Lv.37的No.121。
战胜后得到第七枚徽章可以控制80级以下的PM，同时得到技能机器79。
出道馆碰到劲敌两人组，然后馆主也跑出来了。对话间突然冒出那3个会瞬移的家伙，说N会在龙之塔等着众人，就瞬移消失了。馆主和切雷恩一起往右离开了，跟上去看看吧！
到龙之塔门口看到博士，贝鲁也追了过来。原来等离子团中出了龙之塔。。。错了，是凿开塔壁入侵了龙之塔。龙之塔最上面有众人追求的传说中的PM，因此N才要上去获得它吧！从博士手里得到森之羊羹，就上塔去吧。
往塔上前进，到一个楼梯口就会震动，塔的最上层发生了什么事！？一路往上发现切雷恩，原来通道倒了一部分。绕远路到他那去吧！
注意石柱是可以上去的！不要乱转浪费时间。。
在4L发现切雷恩和冰系馆主挡住了一群等离子团的成员，趁这个时候击败下面的大批喽啰，从下面前进吧！
6F请从右边开始绕圈子，顺序是右前右前左上右下左下右下左。
7F听到PM的吼叫声，然后往上，会看见一个七贤者和4个杂鱼，杂鱼们会围住你群殴。有点小麻烦，4个人加起来有6只PM，战翻他们吧。之后往上走，看到N站在塞库洛姆（黑版）/雷吉拉姆（白版）面前。他向神兽述说自己的欲望，要征服精灵联盟，看来已经来晚了。。N打算去寻找另外一只神兽，塞库洛姆（白版）/雷吉拉姆（黑版）。然后被那只神兽带走了。
切雷恩和冰系馆主赶到，切雷恩看到他能驯服传说中的PM，怀疑N是不是真的救世主。
出来后五人正在交谈，说到还有一只传说中的龙之PM，冠军赶到。
交谈后大家决定去4号路的古代之城找另外一只传说中的龙之PM。飞回正下方那座城市（虫系道馆的所在地）。往上去4号道路，在沙漠的最后往左走。到达一片新的沙漠，往左上走，会看见不少PM雕像，那里有个往下的楼梯，正要下去的时候会遇到切雷恩，从这里进入古代之城吧。
往左走，第一个入口的流沙右下有个朝左边的人，和他说话他会因为身上化石太重给你一块化石。之后提示你第二个道馆那可以复原化石。
第二层开始果然见到了等离子团的喽啰！这时候当然是战翻他们。一路下落，前进，反正挑有人的地方打就是了。
到最深处见到冠军和等离子团的七贤者之一，切雷恩也来了。话不投机，众人分头离开。
（冠军说的很对，用种族685的一级神就算攻破了联盟又有什么值得自豪的？）之后收到博士的通信，要你去第二座道馆那的博物馆。众人分头离开。飞去第二座道馆吧。
在博物馆前见到大家，馆主也出来了。选是同意为了和平和N战斗！获得光明之石（黑版）暗黑之石（白版）。（任务道具）
接着冠军去通知第八个道馆的馆主了。众人也分头离开。飞去第七个道馆的城市，往右边去8号道路。一直往右，到达一座建筑前，这时候贝鲁会赶来，和你进行一次对战。
她使用的PM为Lv.38的No.14,Lv.38的No.24,Lv.40的初始PM第二进化形态（被你的初始PM克制），Lv.38的猴子（克制你的初始PM)
战胜之后劲敌送你一个药就走了。往建筑物内进发，过铁道桥的时候，三个瞬移男又出现包围住你，把你带去和七贤者之一对话，然后几人纷纷离开。
过桥到9号道路，得到56号技能机。通过9号道路，到达最后一个道馆所在的城镇！进去碰到冠军，他会带你去七贤者演讲的地方。他又在说什么N是被传说中的龙所认定的救世建国的英雄，以及解放PM说。
接着爱丽丝和一位老人赶到，跟着爱丽丝一起走吧。在屋子里可以了解传说中的两只PM的情报。楼上的NPC可以给你一个道具，PM携带减轻一半重量。
城市左上方就是最后一个道馆。前往挑战吧！用冰系技能可以很好的克制龙系精灵。这座道馆的训练师很多。。馆主就是前面见到的老人（黑版）/爱丽丝（白版）。
使用Lv.41的No.117，Lv.41的No.127，Lv.43的No.118。击败后得到最后一枚徽章，可以操纵所有等级的PM，同时得到技能机器82。
出去看到博士，她会把你带去10号道路的路口，先去挑战精灵联盟吧！
是否后悔与精灵一起去旅行？选否！得到掌门球（大师球）。
进去柜台处会告诉你7号道路出现了暴风雨。进入10号道路后一直往右，两位劲敌又来了，切雷恩提出和主角对战试试实力。使用PM为使用Lv.43的No.27，Lv.43的猴子进化（和你开始选的PM属性一样)Lv.45的初始PM第二进化形态（克制你的初始PM）（带了剩饭。。）Lv.43的No.18。
战胜后他会帮你的PM恢复。之后贝鲁给你一个元气块，两人离开。往右走，打开8道代表8个徽章的大门，进入冠军之路吧！！
路上看到一个不敢滑下去的人。。胆小鬼。你可以从那里下面试试滑下去。
七弯八拐通过了冠军之路（石头先不要去理。），来到宏伟的精灵联盟前，前面的接待人表示，只有不间断地打到四天王和冠军，才能表现出训练师的强悍！
打倒四天王！四天王使用的PM大多数都是Lv.48。（从门的从左到右算）
第一个天王使用鬼系PM，分别是No.69,No.99,No.115,No.129(Lv50)。
第二个天王使用恶系PM，分别是No.59,No.16,No.66,No.131(Lv50)。
第三个天王使用超能力系PM，分别是No.85,No.24,No.67,No.82（Lv50)。
第四个天王使用格斗系PM。分别是No.44,No.45,No.40,No.126（Lv50）。
结束后回到正中间和雕像对话，下去。
最里面等着主角的是N和冠军。见到主角到来，他召唤出了等离子团的城堡！！
无数巨大的建筑物突然拔地而起，把梯子伸向了精灵联盟。之后他从梯子上离去，切雷恩赶到。从左边的梯子前往等离子团的城堡吧！！
进去后6位贤者在那等着你，讲出6句名言，准备和主角开打。但是8双阿迪王。。错了，8位馆主赶到，拦住了6位贤者。从左边离开，在等离子团的城堡里探索吧！
里面一个瞬移三人组之一会出现指给你一个可以恢复精灵HP的房间。进去和左边粉发的女孩对话可以恢复PM。
不断从最右边/左边的阶段前进，会出移那2次瞬移三人组，第三层最后一个会指给你N“希望的世界”。进去看到一个儿童的房间。。原来这就是N希望的世界。
在最上一层的门前，最后一名贤者出现，进入那个门，接受N的挑战吧！！N会召出塞库洛姆（黑版）/雷吉拉姆（白版）。而主角手中的光明石（黑版）黑暗石（白版）也会发光，塞库洛姆（白版）/雷吉拉姆（黑版）出现！N要求主角证明自己的实力。谁才是真正的英雄。。就在这里证明给你看！！
与神兽对话开战，Lv50。捕获它吧！
接着和N展开决战！使用PM是Lv.52的塞库洛姆（黑版）/雷吉拉姆（白版）（No.149/150)，Lv.50的No.077（佐罗亚克），No.107,No.090,No.073,No.071。
战胜后击溃了N的妄想。此时最后那位贤者出现，原来他才是黑幕！决战开始。。
他使用的PM是Lv.52的No.69,No.131,No.132,No.110,No.043,Lv54的No.141。
经过一场超级苦战，终于击败了他，之后N主动说出自己没有担任英雄的资格。冠军带走贤者后，N和主角一起到了最上面的宝座上。接着他毅然把塞库洛姆（黑版）/雷吉拉姆（白版）放生了，决定追求自己的梦想，而向主角告别。“再见！”
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