山水画大师李可染称吴国亭“在平面上表现空间不易，有形有影有空间，宛如身历其境，花鸟画做到这一点不容易。”
山水画大师钱松喦对吴国亭说：“你的画既新又美，功底很深。你大有出息，将来不得了！”
花鸟画大师李剑晨评道：“他那一幅幅又新又美的图画，一洗旧习，别开生面，不但令人驻足流连，更启迪同道门的思路，在（花鸟画）‘山重水复疑无路’的时候，大有‘柳暗花明又一村’之感。大家为画坛上出现这么一位富有开拓精神的画家而欣慰。”
花鸟画大师孙其峰给吴国亭的信中称道：“你是当今中国画坛上令我注目的人物。现时能安下心来作些学术研究既搞创作又搞理论写作的人很少，而你两方面都很有成就。”
1993年，三位日本美术评论家慕名造访，吴国亭恰恰外出，这三人在他画室前毕恭毕敬地行了九十度的鞠躬礼。
前美国洛克海文大学文理学院名誉副院长马克斯·考尼克教授在一封信中写道：“他是一位杰出的画家，他的画具有中国传统内涵深刻的特点，他在西洋油画方面同样具有丰富的经验和娴熟的技巧。对他的待遇再高也不为过。”
徐悲鸿夫人廖静文给吴国亭的信上说：“作品之精深妙丽，令我展卷难收。笔墨之韵味，意境之幽美，及色彩之浓郁、典雅皆令人陶醉。”
前天津美术学院国画系教授、著名画家吕云所称赞道：“对于吴老师，我太了解他了，那可是大家！他的画有真功夫，除了取材新颖别致之外，还有笔墨、构图色彩、结构造型、透视质量感等等，牵涉到绘画的方方面面，就是一些大家也比不上他。我认为，有的人靠地位、靠关系、靠炒作成名，而他凭实力，他一贯踏踏实实，认认真真做学问。”
中央美术学院国画系教授、著名画家赵宁安说：“吴国亭老师，我原不熟悉，因专业相同，后在业务上有些联系，有些了解。吴老师画得好，又会写文章，从不张扬，不爱出风头，我很赞赏这种学者风度，结交他我很高兴。”
原浙江美术学院党委书记、老画家李家桢先生来信称赞吴国亭：“把古今中外（在绘画上）的长处都用到了自已的画上，天衣无缝，画得很美，很不容易，真不简单！”
前浙江美术学院院长、著名油画家莫朴先生说：“当年吴国亭年富力强，正是教学骨干，他要求调往南京，我是舍不得放他走的。他有才能，画得好，教学认真，长年勤奋不懈。到了江苏以后更有长足的进步。他的画我非常喜欢，艺术观点健康，雅俗共赏，是个认真做学问、搞创作的人。”
世界著名建筑大师贝聿铭先生2006年10月在苏州约见吴国亭时说：“你在美国举办画展，震撼了波士顿。你在麻省理工学院讲课，以后又向哈佛大学献画。这些事情我早就通过报纸、网站有所耳闻，只是没有机会见面而已。你能够把国画艺术从传统向现代推进，具有独立特行的开拓精神，将国画艺术推举到一个崭新的阶段，这样做实属难得。”
世界著名大提琴家马友友对吴国亭的评论：“能欣赏到伟大画家吴国亭先生的非凡作品，我感到非常荣幸；同时又能面对面地聆听到吴先生有关艺术和美学方面的高见，使我获益匪浅。我们《丝绸之路》乐团中的琵琶演奏家吴蛮之所以艺术成就出类拔萃，见到她父亲吴先生之后，我才明白是与她父亲的影响分不开的。如果说吴蛮是一只苹果的话，那么她父亲就是那棵营养她的苹果树。”
