1.性质不同。前者是营利性组织，其目的是通过提供教育培训服务而获取经济利益；后者是非营利性组织或者说是基本非营利性组织，其目的是培养社会主义建设事业的各类人才。
2.产权归属不同。前者在财产归属上受
公司法、民法等法律的调整。在民办培训机构终止、清算后，民办培训机构的投资人可以依法在清偿债务后取得剩余财产；后者属于公益性组织，原则上应当遵循公益性组织运作的基本原则和规则，其财产权本质是属于社会公共财产。
3.登记机关不同。前者的登记机关是
工商行政管理部门；后者依照《民办非企业单位登记管理暂行条例》的规定，其登记机关应该是民政部门。登记机关的不同在一定程度上也反映了二者性质上的区别，在工商行政管理部门注册登记，形式上就属于营利性组织，应该遵守《公司法》等相关法律、法规的规定。
4.优惠措施不同。前者应当按照《公司法》等相关法律、法规的规定登记注册，接受年检，缴纳税款，依法获得土地使用权等；而后者可以享受国家相关
法律法规规定的税收优惠（
《民办教育促进法》第46条）和用地优惠以及接受捐赠的优惠等。
5.会计准则不同。我国的会计准则有事业单位会计准则和
企业会计准则之分。就前者而言，其属于营利性组织，需要在
工商管理机关登记注册，要采用企业会计准则，只有这样才能够确切地记录其经营活动情况。对于后者来说，应当适用事业单位会计制度，在由国家教委、
财政部颁布的《社会力量办学财务管理暂行规定》中明确规定，“学校财务机构应根据财政部颁发的《行政事业单位会计制度》设置会计帐簿，并按照《中华人民共和国会计法》认真搞好日常会计核算和监督工作”。