不会自动注销，但你的二级建造师证书及印章已失效。
根据《注册建造师管理规定》（建设部令第153号）
第十六条 注册建造师有下列情形之一的，其注册证书和执业印章失效：
（一）聘用单位破产的；
（二）聘用单位被吊销营业执照的；
（三）聘用单位被吊销或者撤回资质证书的；
（四）已与聘用单位解除聘用合同关系的；
（五）注册有效期满且未延续注册的；
（六）年龄超过65周岁的；
（七）死亡或不具有完全民事行为能力的；
（八）其他导致注册失效的情形。
办理二级建造师注销注册所需提交资料：
1.注销注册申请表（企业注册系统申请后直接打印，贴相片）；
2.注册证书、执业印章；
3.办理条件之一的证明（离职证明或一级建造师资格证复印件）。
☆ 市属企业到市级核验原件，再到省级交件。
*以上书面材料份数按一式二份要求提供。