三者的性质，职能，检查对象都不一样。
审计机关是依照法律，对国家各级行政机关、金融机构、企业事业组织进行财务收支、财经法纪、建设项目进行的经济监督。
纪检即监察机关，是人民政府行使监察职能的机关，依法对国家行政机关、国家公务员和国家行政机关任命的其他人员实施行政监察。
巡视组，就是“中央纪委中组部巡视组”的简称。2003年“中央纪律检查委员会、中央组织部”巡视组正式成立，设立5个巡视组，标志着巡视工作进入正式运作阶段，2009年更名为中央巡视组。巡视组的巡视对象主要是领导干部。巡视组主要负责对党委和政府党组领导班子及其成员进行巡视；对党组领导班子及其成员进行巡视。
审计、纪检、巡视组的性质，职能，检查对象都不一样。
一、审计
一般分为三类：政府审计、民间审计（注册会计师审计）、内部审计。
1、政府审计是政府的一个部门，叫做审计署（局）。政府审计主要针对国有资产。
2、民间审计独立于任何部门，一般叫第三方机构。现代企业制度使得企业的所有权（股东）和经营权（经理）是分离的。股东为了掌握经理经营的状况就需要请专门独立机构来查账。这里的专门独立机构，就是注册会计师。也有很多政府部门（比如税务）想掌握企业的真实情况，一般会要求企业出具注册会计师的审计报告。或是新开公司时，也需要注册会计师来帮忙进行验资。
3、内部审计是企业内部的一个部门，就像财务部一样。这个审计部主要检查企业的账务合理与否的情况，并进行监督。审计，就是检查会计账务是否符合相关会计准则（制度）的工作。
二、纪检
纪检主要负责全党的纪律检查工作，维护党的章程和其他党内法规，协助各级政府加强党风建设，检查党的路线、方针、政策和决议的执行情况。
1、受理党员的控告和申诉。受理对国家行政机关及其公务员、国家行政机关任命的其他人员违反行政纪律行为的控告、检举。
2、检查和处理国家行政机关各部门、企业内部党的组织和政府管理的党员领导干部违反党的章程和其他党内法规的案件，决定或取消对这些案件中党员的处分，必要时直接查处下级党的纪律检查机关管辖范围内的比较重要或复杂的案件。
3、对党员和国家行政机关工作人员进行党风廉政和遵守纪律的教育；做好党的纪检，行政监察工作方针、政策和法律法规的宣传工作；组织和指导纪检监察系统干部的培训工作。
三、巡视组
巡视组，就是“中央纪委中组部巡视组”的简称。主要工作就是巡视了解、巡视汇报、巡视反馈、移交督办。
1、巡视了解：向被巡视地区、单位通报巡视目的和任务，公布巡视组监督的范围、工作安排和联系方式，通过各种渠道了解被巡视地区、单位存在的问题。巡视期间，发现领导干部涉嫌严重违纪违法等问题，及时向中央巡视工作领导小组报告。
2、巡视汇报：巡视了解结束后向中央巡视工作领导小组报告巡视情况，主要反映巡视发现的问题、提出意见建议。
3、巡视反馈：向被巡视地区、单位反馈巡视发现的问题，提出整改的意见建议。反馈工作应体现从严治党的精神，严肃认真，形成震慑
4、移交督办：对中央巡视工作领导小组决定的事项，依据干部管理权限和归口管理、各司其职的原则，分别移交中纪委、中组部有关部门或中央有关职能部门处理并及时督办。对被巡视地区、单位的整改情况，以适当方式开展监督检查。