首尔校区是文科校区，水源校区是理工科校区，所以本质上不存在好坏之分。但如果一定要区分的话，可以随便参考一下。
三星投资成均馆大学，其中首尔校区只对国际经济和国际经营进行赞助，其余的全部赞助水源校区，当然，这跟三星投资成均馆的目的有直接关系。
另外可以参考QS的学科排名，成均馆排名最高的是语言学（有一种说法是半导体排名更高，但QS的确没有针对这个学科的排名），其中排名世界前100的专业有17个，不一一说明了，可以去成大官网查询。其中前50的有3个，分别是首尔校区的行政学和语言学，水源校区的药学。
成均馆大学的两个校区不像国内大学分校的那种形式，而是统一招生，统一管理，统一下发毕业证，之所以有两个个校区是因为专业设置的侧重点不同，首尔的大学路校区主要开设的是人文类专业，而水原校区开设的黄专业以自然理工类为主。
申请的时候要看好招生简章。
注意事项
一、 申请者无须经过任何留学中介机构(包括政府机关的中介机构)，可以直接向成均馆大学招生办送交申请材料。（地址可见成大官网）。
二、 申请者本人所填写的成绩、学历等事项，如不能出具有效的证明公证，将不被承认。
三、 申请费交上了不能取消或变更申请，申请费也不返还。
四、 审查的内容一律不公开，提交材料不予以退还。（未被录取者的材料退还 ： 2011.2.7(一)~2.9(三) * 超过期限后不返还。）
五、 学校只发给合格者标准入学许可书，以邀请人身份不可以代办申请签证。
六、 合格者入学后6个月内本校仍未收到学历查询回复时有本人直接联系学校进行调查。如果一直无回复将取消入学资格。
七、 提交材料经事后确认，若发现存在伪造或修改等事实，将被取消入学资格。另外，通过其它不正当的手段被录取并已经在读的学生，也将被开除学籍。
八、 招生简章中未提及的事宜均遵照本校招生录取管理委员会的决定。
以上内容参考 百度百科-成均馆大学