1、朱棣没有代言人
从古至今，朝臣和藩王联系过密，都可能会引发皇帝的猜忌，不利于自身的安全，所以朝臣不敢和藩王有过多联系。
朱棣是藩王，他替大明镇守边疆，离南京很远，所以朝中大臣和他联系很少，由于朱棣和朝臣联系少，所以朝中为他说话的人也不多。支持朱棣做皇帝的大多是他的兄弟，这些人都和朱棣一样是藩王，镇守在各地，所以关键时刻说不上话，而朝中大臣大多数和太子朱标关系好，所以愿意为朱允炆说话。
朱标死后，朱元璋想过在儿子中找个接班人，他提到了朱棣，但朝臣反对立朱棣，而是提议立朱允炆为太子。朱允炆性格仁慈善良，朱元璋也喜欢，所以在朝臣的提议下最终立了朱允炆。若朱元璋选储君的时候，有朝臣为朱棣说话，很可能会为朱棣争个机会，可惜没人替朱棣说话。
2、朱棣的身份问题
官方史料记载，朱棣是马皇后所生之子，也就是朱元璋的嫡四子，但不少人质疑这点，很多人觉得朱棣不是朱元璋的嫡子，他夺取皇位后，为了让自己当皇帝显得名正言顺，所以将生母改成了马皇后，这样他就成了朱元璋的嫡子，有资格继承皇位了，但其实他的生母是朱元璋的碽妃。
明朝时期记载皇家册立、冠婚、祭祀、礼乐等事件的《南京太常寺志》记载：“懿文皇太子及秦、晋二王皆李氏所生，成祖则碽妃生”。同时，近代文史学家、考古学家也通过大量的研究，比较认同朱棣为碽妃所生。这就说明朱棣很可能不是朱元璋的嫡子，所以他没有资格继承皇位。
还有，朱棣是朱元璋的第四子，即使他是嫡子，他前面还有两个长兄，秦愍王朱樉和晋恭王朱棡，按照嫡长子继承制原则，朱标不在了，秦愍王朱樉就是嫡长子，所以朱元璋应该传朱樉，而不是朱棣。
3、治理天下的需要
朱元璋建立大明后，有个明晰思路，就是皇帝找个仁德的人做，而让自己其他儿子镇守边疆，这样朱家王朝才能稳固。朱元璋打算让朱标做皇帝，让朱棣、朱权等人做藩王，替他们镇守边疆，朱棣、主权等主要防守北方的蒙古和女真，所以责任很大，朱元璋不会轻易将他们调离北方封地。
还有，中原王朝刚经历过战乱，需要休养生息，让百姓有个和平稳定的环境从事生产和发展经济。朱棣虽然能力出众，但主要是打仗能力出众，他当上皇帝后，可能会继续穷兵黩武，对北方民族用武，这不利于大明的稳定和经济恢复。
朱元璋坐稳皇位后，开始屠杀功臣，就是希望内部稳定，国家不再打仗了，所以好战的朱棣不是他心仪的储君，仁德善良的朱允炆才是他想要的继承人。
评价：
朱元璋作为中国最杰出的君主之一，一生勤于政事，建树颇多。特别是创设了大量的制度典章，不但打下了明朝近三百年基业，促成明朝前期社会安定、经济繁荣的局面，还影响到清朝。自明到清，中央集权的政治统治和统一的多民族国家的行政管理制度渐趋完备。