1)基因歧视。个人
遗传信息有可能落入他人之手，给携带某些“不利基因”或“缺陷基因”者的升学、就业、婚姻等带来麻烦，使某些人群受到“基因歧视”。除了个人的伤害，泄漏了一个人的基因型还可能给家庭、群体甚至未来世代带来伤害。个人的基因缺陷可能会使家庭遭到歧视。历史上疾病是极易引起歧视和不公正对待的，像早年的
麻风病，现在的
艾滋病，即使是精神病人，至今仍然容易被歧视。
2)多样性灭绝。一旦人类绘制并理解了基因图，会不会有人用于改良人种。如果允许利用
基因工程方法生育子女，即根据人体基因图谱制作一个“标准的”人体基因模型，设计出“十全十美”的后代，那么就有可能抹杀人类社会在种族、肤色、智商等方面的多样性，从根本上抹杀人类的多样性。
3）种族优越论。人体基因研究成果可能被别有用心的人利用。他们依据基因理论宣扬“种族优越论”，诋毁其他民族甚至借口发动侵略战争，推行种族灭绝政策。