在美国内战末期的新墨西哥州埃尔帕索城，哥伦比亚联合铁路公司正面临着列车频繁被洗劫的困扰。警方对此束手无策，为了找回失窃的列车并惩治犯罪分子，公司代理人史密斯决定悬赏$15000，雇佣赏金猎人库珀介入调查。库珀开始集结他的老搭档，一群西部牛仔，他们按照史密斯提供的线索追踪到了盗匪首领桑切斯的踪迹。
尽管桑切斯在被捕后坚称自己与火车劫案无关，但库珀出于职责，决定将他带到警长马歇尔面前。即使桑切斯的声明可信，他本身已是臭名昭著的通缉犯头目。在押送过程中，桑切斯透露了一个惊人的信息，一个名为El Diablo的神秘人物正在筹划集结新墨西哥州的所有暴徒，意图组建一支强大的军队，这无疑增加了案件的复杂性。
然而，当他们回到埃尔帕索城后，埃·戴伯洛的背叛出乎意料。他利用库珀的不知情，设下了一个双重陷阱，指控库珀为一桩谋杀案的凶手。由于库珀是案发现场的唯一幸存者，警长马歇尔欲将其作为主要嫌疑人。然而，狡猾的埃·戴伯洛成功地逃离了现场，使得库珀陷入了极其棘手的困境。
《赏金奇兵：西部通缉令》以19世纪中叶的美国西部为游戏背景，描述了以John Cooper为首的6名赏金牛仔为证明自己的清白不惜面对匪徒团伙重重陷阱，从而纵横西部的惊险之旅。玩家将操控John Cooper和其他5位各自身怀绝技的西部镖客，在这只6人组成的队伍中，既有快枪手、炸弹专家、医生，又有迷人的职业女牌手和带着宠物小猴的中国女孩。游戏采用了与《盟军敢死队》相同的"实时战术"系统，并将数十种美国西部独有的战斗方式与游戏完美的融合在一起。