建设项目跟踪审计虽具有广泛性、全面性和过程性的特点，但在实际操作中也存在一些局限性：
首先，跟踪审计的深度难以把控。审计人员过度介入建设项目管理可能导致审计目标偏离，如在施工现场签证问题上，审计人员的介入可能会引发各方利益冲突，削弱权力制衡机制。
其次，介入时间点的不明确影响了审计效果。工程项目的不同阶段对审计的需求不同，但审计时间点缺乏明确规定，导致在前期决策、设计和招投标阶段的造价控制不足，跟踪审计的效果并不充分。
法律、法规支持不足是另一大挑战。现行法规对跟踪审计的支撑不足，审计人员在实践中难以进行标准化评价，增加了审计风险和难度。
审计力量的局限也增加了风险。跟踪审计需要大量专业人员和资源，但现实中往往难以满足，这可能导致审计质量下滑和风险增大。
最后，收费机制的不规范可能影响审计质量。中介机构的收费模式可能导致审核单位倾向于掩盖问题以减少收费，从而影响跟踪审计的公正性和有效性。
解决这些问题，需要完善相关法规，优化审计资源配置，提升审计人员素质，以及建立更为公正合理的收费机制，以确保跟踪审计的有效性和质量。