农产品进出口公司注册流程如下：
一、前期准备阶段
1. 租房注册公司的第一步需要准备经营场所，您需要去专门的写字楼租一间办公室，如果你自己有厂房或者办公室也可以，租房后要签订租房合同，需要取得的住所使用证明包括：租赁协议原件或复印件房产证复印件等。
2. 工商核名确定好经营场所后，需到地址所在工商局办理名称核准(或在网上核名也可),领取“企业名称预先核准申请表”,填写你所准备的公司名称，由工商局上网检索是否有重名，如果没有重名就会核发一张“企业(字号)名称预先核准通知书”。(名字一般由四部分组成，依次是行政区划+字号+行业特点+组织形式，名字想好5-10个，备用)。
3. 编写公司章程。由股东共同制定公司章程，股东为自然人的由本人签字，自然人以外的股东加盖公章，若为我公司客户一般由我公司代为编制。
4. 刻法人私章。
5. 去工商局指定的银行开立公司验资户，并存入注册资金。
6. 到会计师事务所办理验资报告。持股东身份证复印件、银行出具的股东缴款单、银行盖章后的询征函、公司章程、名称预先核准通知书、房租合同、房产证复印件等到会计师事务所办理验资报告。
二、设立登记阶段
1. 到工商局办理公司设立登记：到工商局领取公司设立登记的各种表格，包括设立登记申请表、股东(发起人)名单、董事经理监理情况、法人代表登记表、指定代表或委托代理人登记表等。填好后，连同核名通知、公司章程、房租合同、房产证复印件、验资报告等一起交给工商局。5个工作日后可领取营业执照。
2. 刻公司公章、合同章以及财务章。
3. 凭营业执照到技术监督局办理组织机构代码证。
4. 凭营业执照、组织机构代码证办理税务登记证。
5. 凭营业执照、组织机构代码、税务登记证，去银行开立基本帐户。
三、商务主管部门办理对外贸易经营者备案
1. 首先到公司所在工商局办理经营范围变更手续，添加货物进出口，技术进出口经营项目。
2. 申报对外贸易经营者，并按《登记表》要求认真填写所有事项的信息，确保所填写内容是完整的、准确的和真实的；同时认真阅读《登记表》背面的条款，并由企业法定代表人或个体工商负责人签字、盖单位公章。
3. 需要提交的材料对外贸易经营者应向所在商务主管部门提交如下备案登记材料：
(1)按本条第一款要求填写并下载打印的《登记表》;
(2)营业执照复印件；
(3)组织机构代码证书复印件；
(4)对外贸易经营者为外商投资企业的，依法设定的外商投资企业，在已批准的经营范围基础上要求增加其它进出口贸易业务的，需按《备案登记办法》的规定办理企业营业执照的增项变更，还应提交外商投资企业批准证书复印件；
(5)依法办理工商登记的个体工商户(独资经营者),须提交合法公证机构出具的财产公证证明；依法办理工商登记的外国(地区)企业，须提交经合法公证机构出具的资金信用证明文件；
上述报送材料各一份，《登记表》按要求，正反面填写，报送所有材料用A4纸格式。
四、后续手续
一、海关(进出口收发货人注册登记)
办理进出口收发货人注册登记，到按照规定到所在地海关办理报关单位注册登记手续。提交单证：
1. 企业法人营业执照副本复印件(个人独资、合伙企业或者个体工商户递交营业执照);
2. 对外贸易经营者备案登记表复印件(法律、行政法规或者商务部规定不需要备案登记的除外);
3. 《中华人民共和国外商投资企业批准证书》、《中华人民共和国唯吵亮台、港、澳、侨投资企业批准证书》复印件(限外商投资企业递交);
4. 企业章程复印件(非企业法人免递交);
5. 税务登记证书指宽副本复印件；
6. 银行开户证明复印件；
7. 组织机构代碰猜码证书副本复印件；
8. 《报关单位情况登记表》、《报关单位管理人员情况登记表》;
9. 其他与注册登记有关的文件材料。
办理期限：2个工作日预录入完毕，海关会给海关的注册号和报关专用章印模，(椭圆形，长50mm，宽36mm),自己去刻制，刻制好到海关企业管理窗口提交印模，领取进出口收发货人报关注册登记证书。
二、外汇管理局
进口单位应当凭以下材料到所在地外汇局办理列入：
1. 对商务主管部门的进出口经营权的批件；
2. 工商管理部门颁发的营业执照；
3. 技术监督部门颁发的企业代码证书；
4. 外汇登记证(外商投资企业)。
对于已经国家外汇管理局分支局(以下简称“外汇局”)核准开立经常项目外汇账户的企业，在申请办理“名录”时，无需再次提供进出口经营权备案登记表、工商营业执照及技术监督局代码证书等资料，可直接凭《经常项目外汇业务核准件》企业留存联(第三联)和进口单位名录登记申请书办理。
不在名录上的进口单位不得直接到外汇指定银行办理进口付汇。
办理期限：即时办理外汇帐户开立境内机构的在外汇局办理基本信息登记提交材料：
(1)营业执照或社团登记证的原件及复印件(正副本均可);
(2)组织机构代码证和组织机构代码卡的原件及复印件；
外汇局不对境内机构经常项目外汇帐户的开立、变更、关闭进行核准。境内机构凡已办理过基本信息登记手续的，或已经开立过经常项目外汇帐户及资本项目外汇帐户的，如需开立新的经常项目外汇帐户，可持开户申请书、营业执照(或社团登记证)和组织机构代码证直接到外汇指定银行办理开户手续；凡未办理机构基本信息登记的，应持以上资料到外汇局进行机构基本信息登记。
办理期限：即时办理
四、国税局退(免)税认定的出口商
按以下时间要求办理出口退(免)税认定手续。对外贸易经营者在按《中华人民共和国对外贸易法》和商务部《对外贸易经营者备案登记办法》的规定办理备案登记后，自备案登记之日起30日内办理认定。特定退(免)税的企业和人员在出口合同签订之日起30日内办理认定。
1. 出口商在首次申请办理退(免)税认定时，应先向主管国税分局取得《出口货物退(免)税业务认定核实表》(以下简称《核实表》。
2. 出口商应认真填写《核实表》有关内容(一式二份),并确保所填写内容是完整、准确和真实的，由企业法定代表人或个体工商负责人签字、盖章后报送至主管国税分局。
3. 主管国税分局应自收到《核实表》之日起5个工作日内完成对《核实表》中各项内容的调查核实工作，并在《核实表》中签署审核意见。将其中一份《核实表》交出口商，一份《核实表》归档保存。
4. 出口商取得经主管国税分局鉴署意见的《核实表》后，即可至国家税务局进出口税收管理处退(免)税认定岗，领取并填写《出口货物退(免)税认定表》(以下简称《认定表》,同时需提交以下资料(原件及复印件，复印件上加注“与原件一致”并盖章)。
1)出口货物退(免)税认定申请报告(原件，需电脑打印，内容主要包括企业基本情况，经营范围，开始生产、经营、出口的时间等等情况);
2)国家工商行政管理部门核发的《企业法人营业执照》(副本)或《工商营业执照》(原件);
3)主管的国家税务机关核发的《税务登记证(副本)》(原件)
4)商务部及其委托机构签发的《对外贸易经营者备案登记表》
5)主管海关核发的《自理报关单位注册登记证明书》
6)银行基本账
7)经主管局鉴署意见的《出口货物退(免)税业务认定核实表》(原件)
12)主管退税的税务机关要求提供的其他证件、资料。
5. 退(免)税认定岗负责对《认定表》及相关资料进行审核，审核无误后，出具认定意见，注明认定日期，并将《认定表》中有关信息录入出口货物退免税信息管理系统。将其中一份《认定表》交出口商，一份《认定表》及所附资料归档保存。
6. 实行“免、抵、退”税办法的出口商取得《认定表》后，应在首笔货物出口前，持《认定表》到各办税服务厅，在征收管理系统中办理出口货物退(免)税认定手续。
办理期限：5个工作日
五、电子口岸
新办企业申领《中国电子口岸》IC卡入网资格审查具体操作办法说明
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