对于那些患有慢性呼衰且呼吸道感染未能得到有效控制的病人，他们的气道常常被大量分泌物阻塞，导致病情恶化。常规的鼻或口腔吸痰方法往往难以彻底清除这些分泌物，这时就需要借助纤维支气管镜进行直接观察下的气道清理。
对于因各种原因导致呼吸衰竭的患者，在进行气管插管人工通气后，若湿化不足导致气道干燥，分泌物粘稠且引流不畅，会增加气道阻力，影响人工通气的效果。这时，定期使用纤支镜进行吸痰并加强气道湿化管理是必不可少的措施。
在肺部手术后，由于渗血、出血与气道内分泌物的混合，可能会阻塞患者一侧或两侧的气道，引发肺不张。如果不及时清除这些分泌物，不仅会加重病情，甚至威胁到患者的生命安全。因此，立即运用纤支镜清理气道分泌物，同时进行抗感染治疗和加强气道管理至关重要。
纤维支气管镜适用于做肺叶、段及亚段支气管病变的观察，活检采样，细菌学、细胞学检查、配合TV系统可进行摄影，示教和动态记录。该支气管镜附有活检取样机构，能帮助发现早期病变，能开展息肉摘除等体内外科手术，对于支气管、肺疾病研究，术后检查等是一种良好的精密仪器。 纤维支气管镜（纤支镜）发明后已广泛应用于临床。除在呼吸系统疾病诊断方面取得很大进展之外，在治疗方面也得到广泛应用，现简述如下。