明教跟朱元璋是没有从属关系的，打击明教主要是为了维护社会秩序，锦衣卫是卫戍禁军，统辖仪鸾司，掌管皇帝仪仗和侍卫。
摩尼教，又称作牟尼教、明教，是一个源自古代波斯宗,教,祆,教的宗,教，为西元3世纪中叶波斯人摩尼所创立，唐代传入中国后逐渐演变成混合儒、佛、道等的中国式摩尼教。吴晗认为明朝国号来源是承自明教。金庸的《倚天屠龙记》亦引用这个说法。在金庸武侠小说《倚天屠龙记》中，明教为波斯摩尼教的中原分支，是一个与元朝对立的门派。最初由于明教中人反,抗,政,府与行事诡异，明教被称为魔,教。
吴晗《明教与大明帝国》：“至‘大明’之国号，则私见以为出于韩氏父子之‘明王’，明王出于《大小明王出世经》。《大小明王出世经》为明教经典，明之国号实出于明教。”（刊于《清华学报》十三卷一期，载《读史札记》）
弥勒教、白莲教等都概略地接受了“崇拜光明”，“正邪对抗，正终胜邪”等思想，一般认为亦与摩尼教有相当关系。
锦衣亲军都指挥使司，简称为“锦衣卫”，雅称为缇骑，是明朝所设的专司皇帝卫戍、政府廉政以及帝国情,治的机,构。
前身为明太祖所创设之“御用拱卫司”以及洪武元年时改制之“仪鸾司”与二年时改制之“大内亲军都督府”。
最早起源是金朝的拱卫直使司(原名龙翔军、神卫军)，元至元三年始置拱卫司，属礼部。九年升“拱卫直都指挥使司”。有指挥使、副都指使等官。
1361年，朱元璋仍是吴国公时代，改枢密院为都督府辖锦衣卫前身的“拱卫司”(并无“御用”二字)，秩正七品，管领校尉，后改拱卫指挥使司，秩正三品。再改为都尉司，终改为“仪銮司”(《大明会典》云锦衣卫本仪銮司)，洪武二年设置亲军都尉府，仪銮司改隶亲军都尉府，十五年、罢府及司、置锦衣卫为十二亲军卫之一。吴国公时期包括鄱阳湖之战所有麾下的军,队都是他的亲军，所以亲军视作锦衣卫前身实不恰当。且更早于称吴王时代：朱于著名之鄱阳湖水战鏖战数月毫发未伤且箭毙敌首陈友谅，即为此“亲军”（锦衣卫原名）护驾建功。朱元璋在建国后，猜忌多疑，怕大臣对他不忠，因此随时充满戒心，要求大臣对他绝对的服从、忠心不贰，要出朝之后也要对他恭恭敬敬，便设法派密探四出巡视。这是锦衣卫以及明朝特务机构的雏形。最早只有1500人。
后来，朱元璋以亲信密探曰“检校”，负责侦察在京中官吏的大小之事。洪武十三年，发生胡惟庸案，朱元璋对臣下更加不信任，至洪武十五年，正式建立锦衣卫组织，首任都指挥使是杨宪（检校），后续是毛骧、蒋瓛、纪纲、夏煜。
尔后在洪武二十六年，因朱元璋认为此一酷,政不可以长期存在，再加上锦衣卫于侦办蓝玉谋,反案时“非法凌虐，诛杀为多”，“株连且四万（人）”；于是下令大削锦衣卫的权,力（“诏内外狱无得上锦衣卫，大小咸经法司”）。
唐高宗、武则天时期，摩尼教逐渐在安西都护府传播。武后延载元年，波斯人拂多诞将摩尼教传入中国；唐朝大历三年于长安建有大云光明寺。
摩尼教在中国又称作明教，是因为信徒称呼他们的神为“明尊”。但摩尼教在初入华时其实并不顺利，他们设法假托佛,教之名传道。在唐玄宗开元期间，吐火罗国王曾献一慕阇于中国，获唐室接待。不过，在安史之乱前，该教并未在中华设寺院，史书反而载有对该教之禁令。据《通史》所载，玄宗不久以摩尼教“本是邪见，妄称佛,教诳惑黎元”为由，下令中国人严禁参与。
摩尼教传入唐朝的同时，亦于之后不久地传入回纥，更被后者定为国教。安史之乱后，因回纥自恃助唐平乱有功，摩尼教徒藉回纥的支持，得以在唐国传教。据《佛祖统记》载，唐代宗大历三年，敕准回纥摩尼教徒在长安建摩尼寺──大云光明寺。其后，又应回纥之请，于荆州、扬州、越州等州建寺。唐宪宗元和二年，再于河南、太原建摩尼寺二所，并派专员保护，自此以后，摩尼教寺满布中国境内。摩尼教教士随回教使者来华，他们得到唐帝礼遇，在中国迅速传播。
根据《旧唐书》记载，长兴元年，回纥宰相下令摩尼教五百七十三人入朝一同迎接公主，可见其藉回纥与唐关系，势力已延伸到政治层面。另外据《旧唐书》记，在元和八年宴归国的回纥摩尼人，受令至中书见宰相，由此可见，摩尼教徒经常由回纥至唐，并得唐皇室礼待。
除此之外，部份摩尼教徒也从事商业，据《旧唐书，回鹘传》：“摩尼至高师，岁往来西市，商贾颇与囊橐为奸”。
唐武宗会昌元年，回纥被的黠戛斯击败，国势衰落，唐廷对回纥和摩尼教的态度立即改变。据《会昌一品集》载，武宗会昌三年，回纥国势衰落，从中国撤兵，要求唐室“安存摩尼”，但唐突改前态，下令禁江淮诸镇的摩尼寺。会昌灭法时，摩尼教亦难逃其劫，《入唐求法巡礼行记》说：“会昌三年四月中旬，敕天下杀摩尼师，剃发令著袈裟，作沙门形而杀之。”事实上，朝廷于会昌元年已下令没收摩尼教资产与书像等物，由于一些摩尼教没反抗，致令长安女摩尼死者达七十二人。
摩尼教先于祆教、景教被禁，而史书的记载亦较详细，可见该教在唐中期声势颇大。当时，摩尼教流行的地区以西北、华北地区为主，在闽浙沿海地区，因与波斯等国有海路交往，摩尼教也有一定势力。经会昌一劫，摩尼教再不能在社会公开传教，转而在民间秘密流传，并渐与其他宗教结合，历五代两宋仍不衰。自此与下层的斗争结合起来，成为农,民,起,义的号召旗帜之一。
五代后梁贞明六年，毋乙、董乙以“末尼”为旗帜，在陈州造,反。
在11世纪五十年代的大可汗王朝皈依伊斯兰教之后，高昌回鹘的摩尼教也逐渐消亡。13世纪后不再流行于天山南北的西,域地区。
后来，北宋徽宗宣和元年的方腊之乱和建炎四年钟相起,义，元惠宗至正十年“明王出世”的韩山童、刘福通起,义，都受摩尼教的影响。陆游《条对状》载：时“妖幻之人”，名目繁多，“淮南谓之二襘子，两浙谓之牟尼教，江东谓之四果，江西谓之金刚禅，福建谓之明教、揭谛斋之类。名号不一，明教尤盛。至有秀才、吏人、军兵亦相传习。其神号曰明使，又有肉佛、骨佛、血佛等号。白衣乌帽，所在成社。伪经妖像，至于刻版流布。”
元代以后的摩尼教已经复杂化，融入了白莲教、弥勒教的思想，难舍难分，也号召了无数次农,民,起,义。
明朝的兴起有元末信奉摩尼教与白莲教混合的红巾军助战，所以明太祖建立明朝后初始对宗教采取抑制和利用兼并的政,策。他主要希望阻断摩尼教、白莲教与弥勒宗等宗教组织再度变成反朝廷的起,事,军，并且希望利用佛,教、道,教等内向型软性宗,教的力量来维护社会秩序，摩尼教遂渐衰微。
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