可以的，手机短信可以作为法院证据，但是此类电子数据内容易遭到篡改，须符合一定的形式要件，以破除其作为证据使用的真实性障碍与关联性障碍，单独使用证明力不大，仍有一些限制。
根据最高人民法院《关于民事诉讼证据的若干规定》第二十二条规定：“调查人员收集计算机数据或者录音、录像等视听资料的，应当要求被调查人提供有关资料的原始载体。”
视听资料是指利用图像、音响及电脑等贮存的数据资料等来证明案件真实情况的证据形式。从以上可以推断，手机短信可以作为一种视听资料，作为一种证据，只要符合证据的三大特征，同时又能与其他证据相互印证，证据之间形成相对完整的证据链，就应当作为证据采信。
证据三大特征：
1、具备证据的客观性。手机短信的客观性要求手机短信必须真实的反映案件事实，手机短信的内容应当未曾受到过任何篡改或者不存在被伪造的情况。
2、具备证据的关联性。手机短信的收发表现为发送短信者占主动地位而收短信者处被动地位，手机短信的收和发是一种对应关系。每一个手机号码均对应一个唯一的用户，手机短信的收发只能在特定的两个手机号码间进行，在没有其他相反证据的情况下，两个特定的手机号码间的短信收发，可以认定为两个特定的用户之间在特定的时间发生的通信行为，可以认定该手机短信内容与案件具有关联性。
3、具备证据的合法性。法院须从以下三方面对手机短信进行审查：一是手机短信证据是否是客观真实的存在。二是手机短信证据收集的主体、时间、地点、对象等是否符合法律的相关规定。三是手机短信证据是否被他人非法输入和控制。
参考资料：
从手机短信的合法性来看，要通过合法的入网手续后，合法使用手机，手机收到的短信是合法的证据。因此，符合下列情况，法院还是有依据将短信作为有效证据的。
1、保证手机短信不被删除，在手机储存空间或储存卡总保存。
2、将手机短信内容固定，可以请公证处的人员公证一下，摘成书面文字，进行公证，使其具有较强的证明效力。在公证时，公证机关应当机库手机的品牌，和型号，以便以后核查。这样提交的证据，对方要提供更强效力的证据才恩呢该推翻。多数情况下，公证机关的公证材料会被法院采纳。
3、提起诉讼后，将公证文书或将固定的手机短信证据交给法院，或有法官对手机内容进行检验，并当场制成笔录。做笔录时，同样应著名手机型号与品牌。除极少数款型的手机短信内容可以修改外，目前对大多数市面上出售的收集短信内容是不可修改的。
参考资料来源：百度百科-关于民事诉讼证据的若干规定
一条手机短信暴露了丈夫的出轨行为，也成为了妻子索赔的惟一证据。
9月25日，记者获悉，大同区人民法院审判了一起离婚案件，女方提供了手机短信证据，男方低头承认自己有过错。法院依法判决后，女方在财产分割方面得到了应有的“倾斜”。
据了解，以电子短信作为过错证据，且因此胜诉，这在以往的全国性判决中都不多见，在我市目前尚属首例。
A证据：偷情短信
9年前，家住大同区的国军与双双（均为化名）自由恋爱后，办理了结婚手续，婚后两个人恩爱有加，并育有一子。
但令人意想不到的是，一家人和美的日子却因一条手机短信而打破。双方闹矛盾后，丈夫国军向法院提出离婚诉讼。
庭审中，国军说，因妻子从来不做家务，不管孩子，双方才逐渐产生矛盾，以至于后来发展到他从外地回来，妻子竟将门锁换掉不让他进家门。
国军称，今年6月，双方因孩子上学问题再次发生矛盾，妻子双双及其家人把自己痛打了一顿，给他造成身体和精神上的双重伤害，他认为双方的感情已经彻底破裂，要求与妻子离婚。
而双双则辩称，国军所说不属实。她说，从2003年开始，丈夫因经常出外跑生意，自己责无旁贷地挑起照管孩子和做家务的重担。后来，她无意间查看丈夫的手机短信，才发现丈夫在外与别的女子有染，两人遂产生矛盾，继而分居。
发生争执后，国军要求双双和他离婚，并起诉到法院。
双双说：“我原本不同意离婚，因为还有孩子，离婚对孩子是一个重大打击。后来静下心来想一想，就这样和他再过下去也没有什么意义，所以我就答应了。”
法庭上，双双将国军与一女子相互发送暧昧的短信，作为周国军有过错的惟一证据呈给法官。
对手机短信的内容，周国军一一予以承认。
双双要求离婚后抚养孩子，并由孩子的父亲支付抚育费3万元，生活补助费4000元，过错赔偿金1万元。
B判决：合法赔偿
法院经审理后认为，夫妻双方自由恋爱婚姻基础较好，但通过手机短信可以看出，在双方共同生活中，男方与其他女子有不正常交往，致使夫妻之间产生矛盾。虽经法庭调解，但男方坚持要离婚，女方也同意，所以婚姻关系应予解除。
法院认定，造成夫妻感情破裂，男方有一定责任。综合考虑后，判决准许二人离婚；孩子由女方抚养，男方每月负担抚养费160元，直至孩子成人；各自婚前财产归各自所有，共同财产中除部分财产女方可以拿走外，其余归男方所有；男方支付女方各类补偿款共计2700元，并承担诉讼费。
C短信：暧昧通道
对此，李法官认为，现在时代进步了，手机几乎人手一部，互通短信行为呈上升趋势。因为短信的隐蔽性和可删除性，很多人在进行“不公开”的交流时，都“明智”地选择了互发短信。
一位旁听的男士说，短信就这点好，能保护人的隐私权，别人查不到内容，只能查到来往的电话清单。
李法官说，现有的离婚案件，近一半涉及到婚外情问题。很多人为找不到对方有“第三者”的证据而心烦。一般当事人只能拿到电话清单、通话记录、短信内容、亲昵的照片、证人证言，甚至堵在门外等。这些证据只是间接的证据，其证明力相对较小，一般法院不会因这些证据而认定对方有过错。
特别是对于短信的效力认定，李法官说，法院目前还没有形成普遍的认识，一般内地法院很少就此作出代表性的判决。
据了解，我市在以往的离婚案件中，以手机短信为证据而提起的诉讼，如没有其他证据佐证，法院大都会驳回起诉。
D分析：采证有凭
就此案，北京岳成律师事务所大庆分所的秦兰律师说，法院之所以能以短信定案，与当事人承认短信内容是分不开的。
本案中，法庭没有明确说明短信在被采信的过程中，被界定为何种证据形式，但无论如何，现代的证据制度已经不是“法定证据制度”的时代，法官不需要僵硬地按照法律的规定接纳证据，法官在不违背法律和良心的情况下享有自由裁量权，本案法院的判决是对短信证据价值的肯定。
秦律师说，随着手机的普及，全国很多法院不得不研究短信作为证据效力的法律理论和实践问题。手机短信与电子邮件不同，手机短信具有真实性、客观性、不易修改性、闪存的封闭性特点，同时短信的内容不容易被攻击，毕竟一般的手机功能，是不能修改短信内容的。
此外，手机短信上有发信人的手机号码，有时间，有内容，有的还有姓名，通过短信内容可查到对方的手机号码，具有涉案的关联性。
从手机短信的合法性来看，要通过合法的入网手续或卡，办理手续后合法使用，收到短信是合法的。因此，符合下列情况，法院还是有依据将短信作为有效证据的：一、保护手机内短信不被删除；保存好，手机内容有一定的储存空间。二、短信被固定下来，公证处的人员公证一下，摘成书面文字，进行公证，具有法定证明效力，在多数情况下，公证证明是被法院采纳的。三、诉讼时，法院当场制成笔录。
办理公证时，要注明手机型号、品牌，这样可以证明手机内容是无法修改的，这个一定要公证。
秦律师说，既然认定短信具有真实性，那在关联性和合法性的前提下，就没有必要将不存在疑点的短信证据仅仅划归间接证据。只有大胆地采用短信证据，才能更好地维护当事人的合法权益。
看来，手机短信越来越具有法律效力，所以轻易不要拿手机短信开玩笑。在此，李法官提醒读者，不要轻易将自己的手机借与他人发短信。否则，他人一旦发出不利于己的短信，而手机持有人不能证明不是自己所发，将承担不利的法律后果。于振龙晚报记者鑫文
以手机短信为例，其作为证据使用，应当庭出示，并将短信内容、发（收）件人、发（收）时间、保存位置等相关信息予以书面摘录，作为庭审笔录的一部分。举证方也可自愿申请短信公证，并将公证文书作为证据出示。经过法院审查核实符合证据"三性"要求的手机短信，可以作为定案依据。
在法庭上对这类证据的审查内容包括：
（1）审查发、收件人（姓名及手机号码）以及发送、接收的时间；发、收件人与案件当事人之间的关系；
（2）审查手机短信的位置是否出现变动，发出（收到）的信息是否仍在发（收）件箱中；
（3）审查手机短信的内容是否完整，与其他证据是否有矛盾，与待证事实是否有关联；
（4）必要时可申请鉴定或向电信运营商作调查。
但因短信、微信存在易删改的特性，还存在运营商不提供个人隐私信息等问题，一般情况下不宜单独作为认定案件事实的依据，应结合其他证据予以补强。
由于真实性存疑，法官很少直接依据此类短信、微信截图认定案件事实。但如果双方对此短信、微信聊天内容的真实性没有异议，或者该截图经过了公证，则该电子数据基本能满足作为证据使用的真实性要素。
但除真实性要素外，举证人仍须证明该证据与本案具有关联性，即证明短信、微信、电子邮件中另一方的真实身份。如2012年出台的《办理保全互联网电子证据公证的指导意见》第四条四款规定，当事人申请保全网上聊天记录、电子邮件的，公证人员应当告知其如果不能证明对方的真实身份，则保全的电子信息可能不具有证据效力。
为破解此类证据关联性障碍，当事人在签合同时，最好能做个约定，明确某个微博或微信等账号为其所有，表明该账号的发言即为其真实意思的表示。
综上，人们日常使用的短信、微信、电子邮件等电子数据是可以作为证据使用的，但是须符合证据三性的要求，其关键点在于必须确定该电子数据本身的真实性并核实数据收发主体的真实身份以满足案件关联性要求。