是违法的，如果是虚开增税发票或者用于出口退税的其他发票的，数额较大的要被定罪处罚。如果总经理对于虚开发票有直接的责任，那么其也要被定罪处罚。发生劳动争议时，劳动者可以通过民间调解机构与公司调解，也可以向人力资源和社会保障局投诉，还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，如果对仲裁结果不服，劳动者可以向法院起诉，对一审结果不服还可以上诉。
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》
【法律依据】
第四条 发生劳动争议，劳动者可以与用人单位协商，也可以请工会或者第三方共同与用人单位协商，达成和解协议。
第五条 发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解;不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁;对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。关键看钱数多少，如果累计计算很多钱的话，可能涉嫌贪污罪或职务侵占罪。
如果钱数少，只是普通违法行为，单位内部处理即可。这种事老板都是睁一只眼闭一只眼，员工愿意住差点住宿，赚点灰色收入，无可厚非，这种事全世界都存在，你监管严格员工每次住满额度的住宿费，老板也捞不到好处，相反员工有点灰色收入服务心情会更好，业绩上去对老板才是真的好员工住宿费是可以根据用途的不同用于抵扣的，除了以下情况不得抵扣其他情况可以抵扣；
住宿费为公司接待客户，开票方不论纳税人规模，即便认证相符也不得进行抵扣；
住宿费为公司组织员工旅游，开票方不论纳税人规模，即便认证相符也不得进行抵扣；
其次，开票方的纳税人规模不同抵扣率也有所不同，具体如下：
住宿费为员工出差，开票方为小规模纳税人，其增值税专用发票抵扣率为3%；
住宿费为员工出差，开票方为一般纳税人，其增值税专用发票抵扣率为6
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