1859年之前是陈玉成重要，李秀成当时基本是配合行动。但由于陈玉成早亡，李秀成在整个太平天国后期的作用凸现出来。他们两人关系并不像传统课本上讲得那么充满友谊，而是充满争权夺利，勾心斗角。1860年8月下旬，陈玉成由常来苏，与李秀成会商，估计是两个议程：（一）分据苏南；（二）按照天王御前会议，在夺取苏州后，以一个月时间解决上海守敌，尔后回救安庆。李秀成当然不愿让步，陈李关系由潜伏转向明朗化。“苏省为忠逆独占，陈逆不嫌，每择繁华市镇，多设一卡，归英逆管”，(《锡金团练始末纪》)形成一地两个各不相隶政权的对峙局面。
李秀成比他的同侪懂得政治和人心相向的功能。他搜刮大批美女和珠宝解送天京，由此为幼天王表彰，”叔筹交库首顾国，功尚加功忠更忠“（《太平天国文书汇编》）；他也注意树立自己的仁爱形象，在进入苏州后，”赈流亡，薄赋敛“（《江表忠略》），“广施仁义，慈爱军民，约束手下各头目，勿许杀害良民，无故焚掠；迭出伪谕，远近张贴，招来四民，开设店铺，俾各复兴”（《鳅闻日记》），而且还身体力行，几次下乡安抚；与此同时，竭力扭曲陈玉成军。在他即将离开常州时，为扮演仁慈爱民，下令迅速解散女馆，以防受英王部下“蹂躏”。为使陈部在苏南难以立足，李秀成及其部队公然亮相，“假如伪忠王统下遇伪英王之兵卒，皆指为野长毛，是以各拥重兵为卫。苟不如是，人财两失，而居县上者亦不敢问。”（《劫余灰录》）两军相恶，上下同一，矛盾的公开化，路人皆知，已经到了难解地步。
陈李两人不和，也反映了两支大部队的相背。“八月(应为六月)，伪天王弟洪军师到苏，即调停忠、英两酋之误会也，贼中互相猜忌如此”(《劫余灰录》)。看来，洪仁玕调停并无多大成效。李秀成是再也不会交出既得权益，听任再分配的。
1860年10月，李秀成为拔去陈部在苏南最后一支军队，借口黄文金“统下擅违限期，不先申禀”(《海虞贼乱志》)，勒令他翌日交割常熟，返回芜湖守区，并调亲信忠殿丞宣、慷天燕钱桂仁镇守，当时还在常州的陈玉成得悉，极不高兴，“英王以常昭本非忠王手下所得，黄老虎虽属犯令，不肯独让主张”(《海虞贼乱志》)，故也派天京水师主将、详天福侯得隆(裕田)前来镇守。钱、侯常见有冲突，甚至兵戈几乎相见。
常热的换防，使陈玉成在苏南最后一块领地也全归于李秀成管辖了(常州、丹阳直隶于天京)。此后陈玉成因安庆吃紧、鞭长莫及，再也无暇插手。李秀成终于排挤了陈玉成势力，使其在江南无立足之地。此后，李秀成全力经营苏州和后来的杭州访地，再也不需以陈玉成为助，而且是有意无意地听凭陈玉成在天京上游孤军苦战，观其成败，充分反映了山头意识的泛滥。
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