中心是杭州市市级财政适当补助行政事业单位，隶属于共青团杭州市委领导，实行主任负责制，内设办公室、财务处、保障处、组织人事处和教学管理处五个管理部门和事务部、活动部、研发部、文学部、美术部、科技部、外语部、文艺部、体育部、舞蹈部、康乐部、体验部十二个业务部门，下属杭州现代教育研究院、青年文化传播有限公司、杭州好朋友传媒有限公司等集体和股份制企事业单位。
办公室：
负责协助中心领导处理日常行政管理工作；负责重要报告和综合性文件的起草工作；负责文秘、档案、信访、接待、简报、宣传、建议提案处理等工作；负责办公自动化和信息化等工作；负责车辆调度和日常管理工作。
财务处 ：
负责中心财务预、决算工作；负责往来票据的审核、报销；负责资产管理工作；负责拟定相关部门的经济责任制方案；负责监督检查相关部门的财务运行状况；负责收费系统的建设和管理等工作。
保障处：
负责中心内部及各类活动的安全保卫工作；负责绿化、物业管理等工作；负责伤害事故和治安事故处理工作；负责社会治安综合治理的相关工作；负责基本建设和设备维修、维护工作；负责食堂、经营部等其他服务设施的经营管理等工作；负责中心固定资产实物管理工作。
组织人事处：
负责组织、人事、劳动保障等工作；负责做好党建、职工政治思想教育工作；负责离退休人员管理服务工作；负责各类志愿者和兼职人员的管理工作。
教管处：
负责教育活动和学生社团的管理工作；负责招生计划和教学计划的制定、宣传咨询；负责教育教学质量管理、教学场地的统一调配等工作；负责组织教研活动和教学业绩考核；负责各类教材、教具、教学仪器设备的征订和使用管理。
事务部：
负责发展中心服务大厅的日常咨询管理工作；积极开展青少年心理健康、法律援助、交友联谊、教育咨询等有利于青少年健康成长的社会服务工作；协助承担 “浙江杭州12355青少年服务平台”的日常管理工作；负责组织青少年开展国际文化交流等活动；负责整合利用中心各类资源深入社区、农村等开展青少年社区事物服务工作，扩大中心服务面。
活动部：
负责中心大型活动的组织管理；负责部门相关活动场地管理；负责组织除专业性社团之外的综合性青少年社团开展各类活动；配合做好少先队辅导员的培训工作；负责校外少先队辅导员的管理工作；负责杭州市少先队队校工作。
研究院：
负责组织开展校外教育研究；负责校外教育科研课题的立项、评审、推荐等工作；负责引进和推广各类优秀校外教育项目；承担校外教育课程的开发管理工作；负责杭州校外教育协会的秘书处工作；负责和各级各类协会的联络协调工作；负责现代教育研究所管理工作；协助中心进行发展规划设计和对外发展联络工作。
文学部：
承担青少年校外文学类教育教学工作；负责青少年校外文学类活动组织的建设和管理工作；负责开展校外文学教学研究活动；负责对本部门专兼职队伍的建设和管理等工作。
美术部：
承担青少年校外美术类教育教学工作；负责青少年校外美术类活动组织的建设和管理工作；负责开展校外美术类教育教学研究活动；负责对本部门专兼职队伍的建设和管理等工作。
科技部：
承担青少年校外科技类教育教学工作；负责青少年校外科技类活动组织的建设和管理工作；负责开展校外科技类教育教学研究活动；负责对本部门专兼职队伍的建设和管理等工作。
外语部：
承担青少年校外外语类教育教学工作；负责青少年校外外语类活动组织的建设和管理工作；负责开展校外外语类教育教学研究活动；负责对本部门专兼职队伍的建设和管理等工作。
文艺部：
承担青少年校外音乐、演艺类教育教学工作；负责青少年校外音乐、演艺类活动组织的建设和管理工作；负责开展校外音乐、演艺类教育教学研究活动；负责对本部门专兼职队伍的建设和管理等工作。
体育部：
承担青少年校外体育类教育教学工作；负责青少年校外体育类活动组织的建设和管理工作；负责开展校外体育类教育教学研究活动；负责对本部门专兼职队伍的建设和管理等工作；负责中心体育类场馆的日常开放和管理工作。
舞蹈部：
承担青少年校外舞蹈类教育教学工作；负责青少年校外舞蹈类活动组织的建设和管理工作；负责开展校外舞蹈类教育教学研究活动；负责对本部门专兼职队伍的建设和管理等工作。
康乐部：
负责康乐活动场所的日常管理工作；负责康乐设施的运行维护和设备采购工作；承担少年儿童校外假日娱乐和大型游园活动；负责对本部门专兼职队伍的建设和管理等工作。
体验部：
负责青少年社会体验馆的建设和发展工作；负责社会体验馆的日常管理与维护工作；积极设计并开展各类青少年体验教育活动；负责对本部门专兼职队伍的建设和管理等工作。
