慢性扁桃体炎的治疗是长期的，故需坚持治疗。平日应保持口腔清洁，每天睡前刷牙，饭后漱口，以减少口腔内细菌感染的机会。
1.西医药治疗
〈1〉含漱法：可选用含碘片，每次1～2片，每日3～4次含化。用淡盐水漱口，简单又方便，可于饭后及睡前，取温开水一杯，加少许食盐，口感有咸味即可，反复漱口，每次5分钟左右。
〈2〉药物治疗：可长期服用维生素C，每次1片，每日3次。非急性发作时，不要滥用消炎药。
〈3〉有下例情况之一者，可选择手术治疗：
1.扁桃体过度肥大，妨碍呼吸、吞咽者。
2.反复急性发作，每年4～5次以上，或有扁桃体周围脓肿病史者。
3..长期低热，全身检查除扁桃体炎外无其它病变者。
4.由于扁桃体炎而导致的肾炎、风湿等病，应在医生指导下择期手术。
至于慢性扁桃体炎的病人具体何时手术为宜，应由医生决定。
2.中医药治疗：中医认为慢性扁桃体炎与体质虚弱，脏腑虚损有关，主要与肺、肾阴虚有关，治疗上多用滋补肺肾，生津利咽的方法。
常用方药：玄参12克、麦冬10克、生地12克、知母10克、黄柏6克、桔梗10克、生甘草6克。
有消化不良，不思饮食者加陈皮10克、砂仁6克、焦三仙各10克。四肢乏力，精神疲倦，大便溏泄者，则应改服中成药参苓白术丸，每次6克，每日2次。
【注意事项】
1.应养成良好的生活习惯，保证充足的睡眠时间，随季节变化及时增减衣服，去除室内潮湿的空气，都是重要的。对于患病儿童，应养成不挑食、不过食的饮食习惯。
2.坚持锻炼身体，提高机体抵抗疾病的能力。不过度操劳，若劳累后应及时调整休息。戒除烟酒。
3.患扁桃体急性炎症应彻底治愈，以免留下后患。