1、所属集团不同
新华文轩：四川新华文轩连锁股份有限公司，在中宣部、新闻出版总署和四川省委、省政府的关怀和支持下，由全国文化体制改革试点单位四川新华发行集团有限公司作为主要发起人，与多家新闻出版产业集团跨地域、跨行业资本联合，挂牌成立。
新华书店：新华书店总店是中央一级图书、音像出版物大型批发企业，隶属中国出版集团。
2、创办时间不同
新华文轩：成立时间2005年5月15日
新华书店：创办时间1937年4月24日
3、经营模式不同
新华文轩：公司正在积极推进省外连锁网点的建设步伐。 以“建设和完善面向全国、涉足海外的出版物营销网络体系”为战略目标，以促进出版物流通效率与效益为宗旨，以不断创造客户价值为根本，以实现规划经济和规模效益为目的，以连锁与电子商务相结合的现代经营方式为核心，
以经营管理的信息化为基础，物流配送为保障，服务功能配套健全为手段，以市场组织规模化、市场营销一体化、服务功能行业化为核心竞争力,构建覆盖全国出版物主要集散地的中盘连锁营销服务体系。新华文轩书店还开展了网上购书业务，新华书店网上商城便是新华文轩旗下的购书网站。
新华书店：总店坚持以“市场开发”为指针，积极推进代理制、寄销制和推销制，构思适应市场经济发展的新思路，推行区域发展战略，努力增强自身的实力与活力，调整资源配置，实现产业的多元化组合。企业已初步构建了若干个经营系统：
以北京发行所和批销中心为主的图书期、现货采购供销系统；
上海东华图书发行代理有限公司为主的图书区域批发系统；
以大型商场门市为主的图书音像零售连锁网络系统；
新华音像租赁发行有限公司为主的图书、音像、电子出版物制作发行及社区连锁销售实体；
以储运公司、物流中心为主的图书物流配送系统；
以信息中心为主的与出版物传统征订业务相结合的图书电子商务系统和进销业务计算机化的管理体系；
以物业管理服务为主的资产经营实体；
以书香园宾馆和中新华旅行社为主的多种经营实体。
以上各经营系统连同各职能部门，构成了总店总经理室领导下的组织机构：办公室、党工办、人事教育处、计财处、基建处、审计处、保卫处、北京发行所·批销中心、储运公司、信息中心。
参考资料：百度百科-新华书店
参考资料：百度百科-新华文轩书店
新华文轩是新华书店的子书店，是专门面向出版物选题策划的经营机构
新华文轩出版事业部是四川新华文轩连锁股份有限公司专业从事出版辅助业务的部门，是全国新华书店系统第一家出版物选题策划经营机构。
四川新华文轩连锁股份有限公司，在中宣部、新闻出版总署和四川省委、省政府的关怀和支持下，由全国文化体制改革试点单位四川新华发行集团有限公司作为主要发起人，与多家新闻出版产业集团跨地域、跨行业资本联合，挂牌成立。是我国第一家按照上市公众公司标准，规范设立的大型股份制出版发行企业。
新华书店，中国国有图书发行企业。发行网点遍及全国城镇。在1937年4月24日成立于延安清凉山，因该书店在中共中央宣传部、中国出版集团之下，是国家官方的书店，也是官方刊物宣传与发售处之一，全国各地均有分店，截至2006年共有14000多个发售网点，各省会则有购书中心或书城等名义经营；在香港以“新华书城”名义在湾仔经营，在澳门则以“珠新图书公司”名义经营。