员工住宿费是可以根据用途的不同用于抵扣的，除了以下情况不得抵扣其他情况可以抵扣：住宿费为公司接待客户，开票方不论纳税人规模，即便认证相符也不得进行抵扣；住宿费为公司组织员工旅游，开票方不论纳税人规模，即便认证相符也不得进行抵扣；
其次开票方的纳税人规模不同抵扣率也有所不同，住宿费为员工出差，开票方为小规模纳税人，其增值税专用发票抵扣率为3%；住宿费为员工出差，开票方为一般纳税人，其增值税专用发票抵扣率为6%。
扩展资料
1、差旅费必须在各部门预算总额内控制开支， 超预算不得开支。
2、员工出差必须事前提出书面申请，填制出差申请单，经其直属上级批准。凡未得事先批准的，一律不予报销。
3、员工出差途中，因工作需要临时增加出差行程到新的出差地点，经出差签批人书面/邮件确认后，其增加的行程作为另一次出差时间。
4、出差标准：员工出差乘坐交通工具、住宿、补助基本标准见集团差旅费报销管理制度。
参考资料来源：百度百科-差旅费
企业员工因公出差发生的住宿费，属于差旅费，取得的增值税专用发票可以按规定抵扣进项税额。
企业发生的住宿费取得增值税专用发票，能否抵扣主要取决于住宿费的“用途”，企业员工在公司经营地或注册地发生的住宿费，只要不属于简易计税方法计税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的，取得专票认证后，也可以按规定抵扣进项税额。
根据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）附件1第二十五条的规定，只要业务是真实的，因公出差支付住宿费，取得的增值税专用发票的进项税额是可以抵扣的。
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实务中，用于集体福利或者个人消费，发生的住宿费不能进项税额抵扣，如企业年会属于福利费，发生的住宿费不能进项税额抵扣。再如企业招待费中，发生的住宿费不能进项税额抵扣。
《财政部、国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）附件1：营业税改征增值税试点实施办法第二十七条下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：
用于简易计税方法计税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物、加工修理修配劳务、服务、无形资产和不动产。其中涉及的固定资产、无形资产、不动产，仅指专用于上述项目的固定资产、无形资产（不包括其他权益性无形资产）、不动产。招待、应酬属于个人消费。
第二十七条第（六）项规定了下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：购进的旅客运输服务、贷款服务、餐饮服务、居民日常服务和娱乐服务。
依据上述规定，员工出差取得的飞机票、高铁票，手机票和酒店餐票不可以抵扣增值税进项税，但是住宿费如果取得增值税专用发票，是可以抵扣进项税的。本回答被网友采纳