审计工作底稿的整理与管理在审计流程中扮演重要角色。它涉及对工作底稿进行分类、整理和归档，记录了审计全过程，包括审计计划、程序执行、意见发表和报告签署。这些文件是会计师事务所的重要历史资料，需妥善保管。
审计档案分为两种类型：永久性审计档案和当期审计档案。永久性档案如备查类和综合类中的审计报告、管理意见书，内容稳定且具有长期价值。当期档案如业务类和综合类其他资料，内容随审计周期变化，仅限当期使用。归档后，审计工作底稿由会计师事务所档案管理部门负责管理，应制定严格的保管制度，确保其安全完整。
永久性档案应永久保存，当期档案至少保存10年，特殊情况如不再审计的被审计单位，其档案保管年限与最近一年相同。过期档案，经法定程序可销毁。同时，审计工作底稿的保密至关重要，只有在法院、检察院等合法机构或注册会计师协会检查时，查阅才不视为泄密。
审计工作底稿的查阅权限有限，后任会计师事务所、合并会计报表审计中的会计师、联合审计中的注册会计师以及会计师事务所认为合理的其他情况，经委托人同意，可以查阅。审计档案所有权归事务所所有，但在接受查阅时，事务所需严格控制查阅条件，保护商业秘密。
审计工作底稿(audit working papers) ，是指审计人员在审计工作过程中形成的全部审计工作记录和 获取的资料。它是审计证据的载体，可作为审计过程和结果的书面证明，也是形成审计结论的依据。注册会计师审计术语之一。审计工作底稿，是指注册会计师对制定的审计计划、实施的审计程序、获取的相关审计证据，以及得出的审计结论作出的记录。