安徽省气象科学研究所的机构设置由多个专业部门组成，其中包括：
综合办公室：负责全所的科研、业务管理，以及行政后勤和文明创建等组织工作，确保研究所的日常运营和管理有序进行。
农业气象研究室（生态与农业气象业务中心）：专注于省级生态与农业气象业务的建设，负责接收、处理、存储和分析DVB-S遥感资料，为农业气象业务提供服务。同时，该室还承担农业气象研究和技术开发，以及省级气象科技扶贫工作。
大气环境研究室（大气成分研究服务中心）：主要承担大气成分业务轨道的建设工作，负责全省大气成分观测资料的收集、处理，提供监测评估预警服务，致力于大气环境研究和开发工作。
卫星遥感研究室：专注于卫星遥感应用研究和技术开发，为生态与农业气象等业务提供技术支持。此外，他们还负责极轨卫星系统的运行维护和研究所网络的维护工作。
天气气候研究室：主要致力于天气气候方面的研究与开发，同时是灾害天气国家重点实验室试验基地的建设者，致力于天气气候领域的前沿研究和灾害预防工作。
这些部门各司其职，共同为气象科学的发展和应用服务贡献力量。