施工单位在综合考虑与建设单位之间的各种因素后，可以考虑通过诉讼或者仲裁来争取自己应得利益。
首先来看审计的性质
根据《审计法》和《审计法实施条例》中的规定，，是指审计机关依法独立检查被审计单位的会计凭证、会计账簿、财务会计报告以及其他与财政收支、财务收支有关的资料和资产，监督财政收支、财务收支真实、合法和效益的行为。被审计单位指的是本级各部门（含直属单位）、下级政府、国家的事业组织或者使用国家资金的事业组织、国有企业、金融机构。因此，直观的理解审计应是政府内部的监督关系，并不是普通的民事行为。
建设工程施工双方之间的法律关系属于合同法上的承揽关系。合同双方的权利义务受民商事法律的规范。民事双方的当事人在合同中约定最终的结算以审计单位的审计结果为准