农村二层小别墅的设计费用受多种因素影响，难以给出确切数字。但一般来说，设计费用大概在5万到几十万人民币之间。具体费用取决于以下几个方面：
设计复杂程度与细节要求。别墅设计的复杂程度越高，所需的设计时间和设计人员的专业水平要求越高，因此费用也相应上升。比如，一个具有独特建筑风格、复杂空间布局和细致装饰设计的别墅，其设计费用通常会更高。
设计师的资历与知名度。知名设计师或设计公司通常收费较高，他们的设计作品质量有保障，且能够提供更为专业的服务。而一些新晋设计师或小型设计工作室可能收费相对较低。
项目规模与地理位置。别墅的规模和地理位置也会影响设计费用。通常来说，规模较大的别墅项目设计费用会更高。同时，不同地区的物价水平和行业收费标准存在差异，因此设计费用也会受到一定影响。
其他因素。除了上述因素外，设计过程中涉及的咨询、调研、现场勘查、修改等额外服务也会增加设计费用。另外，建筑图纸的详细程度、材料选择等也会对设计费用产生影响。
总之，农村二层小别墅的设计费用涉及多个因素，具体费用需要根据业主的需求、设计师或设计公司的报价以及项目具体情况来确定。建议在前期与设计师或设计公司充分沟通，明确需求和预算，以获得最满意的设计方案。