夏商时期台湾属于九州中的扬州。在《尚书·禹贡》成书之时，台湾已经在中国的管辖范围之内。
宋元时期汉族人民在澎湖已有相当数量。汉人开拓澎湖后开始向台湾发展，带去先进的生产技术。12世纪中叶南宋将澎湖划归福建路晋江县（今福建晋江）管辖，并派兵戍守。大陆和台湾的联系日渐频繁。
元朝进一步加强对台湾的管理。元世祖曾派员到台湾宣抚，并在澎湖设澎湖巡检司，隶属福建泉州路同安县（今福建厦门），虽然没有直接将台湾岛并入其内，却是中国中央政府对台湾地区的首次官署设置。
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台湾是中国领土不可分割的一部分台湾主要的少数民族高山族在17世纪汉族移入前即已在此定居；自明末清初始有大量的福建南部和广东东部人民移垦台湾，最终形成以汉族为主体的社会。南宋澎湖属福建路；
元、明在澎湖设巡检司；明末被荷兰和西班牙侵占； 1662年郑成功收复；清朝1684年置台湾府，属福建省，1885年设台湾省；
1895年清政府以《马关条约》割让与日本；1945年中国人民抗日战争胜利后，中国政府收复台湾，台湾及澎湖重归中国主权管辖之下；1949年原在大陆的中国国民党当局退据台湾。
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在宋元时期，海峡两岸已有贸易往来，1281年元世祖设立了澎湖寨巡检司，开始对澎湖实行行政管辖。1349年汪大渊在《岛夷志略》中记载澎湖属泉州晋江县，而琉球为海外诸国之一。
南宋孝宗乾道七年（1171年）汪大猷任泉州知州，辖区内“有海岛曰澎湖”，有不少汉人居住,经常被夷人上岸来抢掠东西，杀掳人口。为防止骚扰，每年南风起时，汪大猷便派兵去防守，耗费军资，但还是防不胜防。
于是造屋200间，派遣将士驻守。关于宋元时期的两岸贸易的文史记载很少，从出土的大量宋元时期的陶瓷器来看，澎湖应是当时中国大陆外贸的一个重要中途站。据记载，宋元时期，铁在台湾属于高价商品，台湾原住民常常要等来自中国大陆的商船靠岸，用食物向船上的人换取铁。
清朱景英在《海东札记》中说，曾在嘉义港口得数百宋钱。
元世祖至元十八年（1281年）元师伐日本，遭台风袭击，军舰大部分沉没，残部漂至台湾西岸及澎湖，遂设澎湖寨巡检司，隶属于福建泉州路，与琉求（台湾）相邻。1292年，元世祖遣使宣抚流求，但到达后跟当地人语言不通，无功而返。
元成宗元贞三年（1297年），福建省平章政事高兴遣省都镇抚张浩、福州新军万户张进赴琉求国，生擒130余人而返。第二年正月，又将所俘琉求人放回，要他们归顺元朝，此后不了了之。
元明宗至顺元年（1330年）及元统五年（1337年），汪大渊两度由泉州出发到各国贸易，他在《岛夷志略》中记载澎湖属泉州晋江县，而琉球为海外诸国之一。
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明朝前期
1384年，明朝废除澎湖巡检司，又于1563年复设澎湖巡检司派兵驻守。《东番记》记载永乐初年郑和下西洋时曾到台湾，当时东番夷族（台湾原住民）躲了起来不愿意顺从约束，于是郑和给每家一个铜铃，让他们系在颈上。
铜铃被他们当做宝物。宣德年间郑和船队曾到台湾西定坊大井头汲水，还曾投药于水给当地土番医病。嘉靖四十二年（1563年），泉州籍海盗林道乾聚众反明，被明朝都督俞大猷追剿，经澎湖逃到台湾鸡笼定居。
他率领数百名随从，奴役台湾原住民。原住民非常愤恨，商议杀死林道乾，却走漏消息，被林道乾夜袭杀害。继林道乾之后，潮州籍海盗首领林凤于万历二年（1574年）被明朝总兵胡守仁追击，逃窜至澎湖，然后又到台湾魍港（八掌溪口）作为其根据地。胡守仁传谕番人夹攻，林凤等人逃散。
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