公司缴纳五险一金是从工资里扣的，但是只扣一部分。五险一金是由公司和员工共同缴纳的，而公司需要承担的保费缴纳部分相对来说会更多，比如某地区养老保险是公司缴纳19%，个人缴纳8%，失业保险由单位缴纳0.8%，个人缴纳0.2%，生育保险单位缴纳0.8%，工伤保险单位缴纳0.5%，医保单位缴纳10%，个人缴纳2%+3，住房公积金单位和个人分别缴纳12%。
用人单位统一给员工代交五险一金，但是五险一金的费用是自己工资里扣一小部分，公司交大部分，都是按照一定的比例。因此，对于五险一金，属于员工所要承担的部分，一般都是从员工每个月的工资报酬里面由用人单位进行代扣。但如果是属于单位承担大部分，则就应该由单位来承担。
二、公司不交五险一金怎么办?
关于五险一金，根据《劳动法》和《社会保险法》的相关规定，用人单位为劳动者缴纳社会保险是用人单位的法定义务，明显具有国家强制性的特点，用人单位不得以任何理由和借口拒绝承担该项法定义务。
要是所在公司没有按照国家的有关规定为员工交纳五险一金，可以向当地的社保部门进行投诉，由当地的社保征收机构责令用人单位限期缴纳或不足。用人单位逾期仍未缴纳或补缴社保费的，社保征收机构可以向以银行或其银行查询其银行账户，并可申请县级以上行政部门作出划拨社保费，书面通知开户银行或其他金融机构划拨社会保险费。用人单位账户余额少于应当缴纳社会保险费的，征收机构可以要求用人单位提供担保，签订延期缴费协议。
五险一金中具体涉及到了养老保险、医疗保险、生育保险、失业保险、工伤保险以及住房公积金，其中对于养老保险、医疗保险、失业保险、住房公积金，在需要缴纳的费用上面，应当由用人单位和劳动者共同承担，只不过区分不同的行业，缴费的比例是不一样的。而生育保险和工伤保险的费用，则全部由用人单位来支付。实践中，要是遇到所在的用人单位不交或者少交，劳动者可以采取相应的措施来维权。而要是单位与劳动者签订放弃缴纳五险一金的协议，该协议因为违反法律中的强制性规定，往往也是会被认定为无效。