供销合作社使用的土地，大多形成于上世纪50年代至80年代。1958年实施的《国家建设征用土地办法》明确规定，“公私合营企业、
信用合作社、供销合作社、手工业生产合作社用地以及群众自办的公益事业用地，可以向当地县级以上人民委员会提出申请，获得批准后，援用本办法规定办理”。按照这一政策，上世纪80年代以前，县级以上联合社及其所属企事业单位用地，基本上由当地人民政府通过行政调拨方式提供；对于基层社用地，一部分由县级人民政府通过征用集体土地（已经征用的土地，所有权属于国家），供基层社使用，一部分由基层社自行与当地村集体经济组织签订协议、接受馈赠以及其他方式，使用原集体土地。
上世纪90年代以前，供销合作社的土地纠纷比较少。随着土地使用制度逐步向市场化方向改革，土地使用权的交换价值不断显现，加上供销合作社占有使用的部分土地手续不完备，一些社有企业和基层社改制或者关闭、停产、破产需要对土地进行处置，近年来系统内出现了大量土地纠纷。就我们掌握的情况，主要有以下几类：
（一）基层社与农村集体组织之间的权属纠纷。
权属纠纷的前提是土地所有权或者使用权归属不明，土地管理部门尚未确权发证。基层社与农村集体组织之间的权属纠纷，表现为集体与国家之间对同一宗土地的所有权归属存在争议。
基层社一般设立在农村，所使用的土地基本上是上世纪50年代至80年代设立之时由当地政府批准或者与农民集体协商进行补偿后取得的原农民集体所有土地。由于当时我国的土地法律制度尚不健全，上述土地在取得时多数并未进行登记。从上世纪80年代开始，我国全面实行土地登记制度，土地权属证书成为享有土地使用权、所有权的法律凭证，没有土地权属证书意味着不受法律保护。
从初步了解的情况，目前许多基层社仍未对土地进行登记，未能领取
国有土地使用证，主要原因是历史久远，基层社用地时的批准文件、用地协议、给予补偿或者安置劳动力的证据，大都没能妥善保存，造成提供证明材料不全，土地管理部门不予登记。有的地方集体组织还主张，基层社占用的土地属于农村集体土地，应当归农村集体所有，要求基层社归还土地，并以各种方式阻挠基层社改造或建设经营设施。最近，我们就接到河北
清河县供销合作社的来信，反映通过积极协调，当地土地管理部门给基层社颁发了国有土地使用权证，但引发当地农村集体组织群众不满，认为基层社所使用的土地属于集体土地，并向人民法院起诉，要求撤销政府部门的确权。
针对土地确权过程中遇到的问题，原国家土地管理局于1995年发布实施了《确定土地所有权和使用权的若干规定》。基层社进行土地确权时可适用以下规定：
第一，依据1950年《中华人民共和国土地改革法》及有关规定，凡当时没有将土地所有权分配给农民的土地属于国家所有；实施1962年《农村人民公社工作条例修正草案》（以下简称《六十条》）未划入农民集体范围内的土地属于国家所有。如果基层社使用的土地取自于1962年前，且符合上述情形，则可认定属于国家所有，土地管理部门据此予以登记，颁发国有土地使用证。
第二，《六十条》公布时起至1982年5月《国家建设征用土地条例》公布时止，全民所有制单位、城市集体所有制单位使用的原农民集体所有的土地，有下列情形之一的，属于国家所有：1、签订过土地转移等有关协议的；2、经县级以上人民政府批准使用的；3、进行过一定补偿或安置劳动力的；4、接受农民集体馈赠的；5、已购买原集体所有的建筑物的；6、农民集体所有制企事业单位转为全民所有制或者城市集体所有制单位的。
第三，凡属上述情况以外未办理征地手续使用的农民集体土地，由县级以上
地方人民政府根据具体情况，按当时规定补办征地手续，或退还农民集体。
（二）使用划拨土地存在的问题。
供销合作社及社有企事业单位和基层社用地，在明确属于国有土地性质前提下，由于基本上是划拨土地，经常出现以下问题：
第一，改制以及改扩建时能否继续使用划拨土地问题。目前，国家严格限定划拨土地的使用范围，只有符合国家设置的目录范围，才能申请使用划拨土地。实践中，供销合作社进行改制，或者部分供销合作社及社有企业因为经营需要，对原来划拨土地之上建设的仓库、办公、经营设施进行翻修、重建或扩建，土地管理部门均认为供销合作社用地不再符合划拨用地目录，要求缴纳
土地出让金，转为出让土地。
第二，划拨土地改变用途问题。国家对划拨土地的用途有着严格的规定，对存量划拨土地改变使用用途（比如用于房地产开发）的，不再符合划拨供地条件的，要求用地单位必须缴纳土地出让金，将划拨土地转为出让土地，否则属违法用地。实践中，对于供销合作社利用原划拨土地进行建设，是否属于改变用途，土地管理部门与供销合作社有着截然相反的认识，并引发矛盾，限止了供销合作社对土地的合理使用。
第三，基层社、社有企业破产、关闭、解散时划拨土地的处置问题。按照国家法律规定，因破产、关闭、解散等原因不再使用划拨土地的，由政府无偿收回。最高人民法院也规定，破产企业以划拨方式取得的国有土地使用权不属于破产财产，政府可以收回。一些职工对此不了解，没有认识到划拨土地与出让土地的区别，甚至认为政府收回土地是企业负责人出卖了企业的利益。但是，国家对部分国有企业也有特殊规定，政府将收回的划拨土地再次出让时取得的出让金，首先用于安置企业职工。这一政策仅适用于一定范围内的国有工业企业。经过积极争取，河北、广东、广西等省（区）政府出台文件，规定政府将收回的土地的出让金返还供销合作社，用于安置职工、清退股金、发展供销合作事业。
第四，部分地方政府违法收回划拨土地。根据现行法律和
行政法规，市、县人民政府可以无偿收回供销合作社划拨土地的情形只有两种，一是供销合作社因迁移、解散、撤销、破产或者其他原因而停止使用土地；二是市、县人民政府根据城市建设发展需要和城市规划要求，收回划拨土地。但是基于土地带来的高收益，一些地方政府违反上述规定，以各种名义，任意无偿收回供销合作社拥有的划拨土地。