1、思路不同
直线职能制的思路是以直线为基础，在各级行政主管之下设置相应的职能部门（如计划、销售、供应、财务等部门）从事专业管理；而事业部制的设计思路为在总公司领导下设立多个事业部，把分权管理与独立核算结合在一起，划分事业部。
2、特点不同
直线职能制的直线人员直接参与组织目标的实现，而职能参谋人员则是间接参与，他们为组织目标的实现提供服务。职能部门参谋只起业务指导作用，无权直接下达命令。而事业部制的权力相对下放，有利于最高领导层摆脱日常行政事务和直接管理具体经营工作的繁杂事务。
3、适用范围不同
事业部制结构主要适用于产业多元化、品种多样化、各有独立的市场，而且市场环境变化较快的大型企业。直线职能制是现代工业中最常见的一种结构形式，而且在大中型组织中尤为普遍。
参考资料来源：百度百科-直线职能型组织结构
参考资料来源：百度百科-事业部制
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