原来讨论的多是对检疫的意见基本一致，卫生检疫回卫生部、动植物检疫回农业部，商品检验尚在讨论，商务部在上次机构改革中曾提到美国商务部是管理标准和技术壁垒的，所以商检也可能划归商务部，也可能划归海关，1998年三检合一后至2002年与技术监督局合并前，出入境检验检疫曾归海关总署领导，另外工商和技术监督局合并的市场监管局也可能是商检的去向之一。另外食药监总局已经成立，质监工商食品卫生领域人员已经转岗，质检总局和工商总局面临拆分已成定局，商务、海关、检验检疫、卫计委、农业部、工商、质监、安监都等着分一杯羹，期间就看博弈了。另一说为了防止合并后一家独大的局面，国务院研究室草拟了一份机构改革方案，卫生检疫划归卫计委，动植物检疫划归农业部，商品检验划归海关，认监委划归发改委，标准委划归商务部（商务部负责技术标准的wto国际通报），特种设备监察局与安监局合并特种设备监察总局，中国检验认证集团划归国资委，技术监督局、工商局、食药监局合并市场监管局（深圳、武汉、舟山都已试点）。从本届政府机构改革思想理念看，改革不走回头路，机构改革不仅仅是指把业务相似、职能相近的部门进行合并，核心是政府职能转变。为了贸易便利化，检验检疫与海关合并比较符合实际。在大多数人眼里，检验检疫和海关就是一家，甚至外贸企业报检、报关的人有的也认为是一家，因为两家总是在一起办公，特别是在机场、港口、保税区等地方，一个大厅办公；从检验检疫发展历史和改革趋势看，不可能走回头路，中国改革不走回头路，机构改革也是如此。分批报检检验和拆分报检检疫更加不利于一次通关、一次查验和一次放行；检验检疫三定方案中的原产地证、检疫和货物查验可以与海关互补，检验检疫的实验室还可以增强海关化验实验室的实力（实验室人员为参公事业编制）。
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