1、实际项目的审计。
审计往往只是将被审计单位的专项资金收支总账、明细账和记账凭证等会计资料送达审计组，审计完后即为审计结束。即使到实地查看工程，也是走马观花，没有认真丈量、记录，也没有计算材料实际用量与账面决算数所使用数量是否一致，看是否有高估冒算或实际使用量小于决算量的现象。
2、银行票据的审计。
由于某些配套资金不能足额到位，多数采用配套资金空运行方式，即真拨付、后转回、账面反映配套资金到位了，而实际上根本没有到位，在实际工作中，只要查阅开户行银行对账单所反映的收支明细与被审计单位银行账收支栏目，就可能反映同等金额的一收一支，而且时间相近；
还有一种情况是被审计单位账上反映现金增加而银行对账单没有记录付出，则采用现金支票存根联入账，提款联没有取款、主观上也不想取款，客观上也无款可取。只要重视加强对银行票据系列的审核力度，弄虚作假的现象便一目了然。
3、资金使用效益。
主要看在建工程项目借方数或专项支出数，累加后与上级下达计划指标进行对比，看资金是否全部支出，全部支出即视为专项资金专款专用，没有被挤占、挪用，忽略了该项资金的使用经济效益，有的即便在审计报告中有所反映，也总是很勉强，其数据不够准确真实。形成的主要原因：
（1）某些地区或部门为了争取上级专项资金早日投入，项目立项具有盲目性、随意性，缺乏对当地经济社会等现实环境的可行性论证，从而降低了资金使用效益；
（2）工程项目竣工时间较短，还没有发挥应有的作用，效益不明显；
（3）由于审计人员少，时间短，根本不可能深入实地调查了解，往往是“从书本到书本”的反映效益。
4、资金到位的时间性。
在对各项专项资金审计中，审计人员总是查找上级财政部门和主管部门联合下达的专项资金的指标文件，然后与同级财政部门专项资金额进行对比，计算资金到位率，比例大则资金足额到位，比例小则到位小，并在审计中予以评价。
但是，较多当年下达的专项资金的指标，由于财力有限调剂其他用途，下拨渠道不畅等，拖欠到年底，有的甚至到第二年底才勉强拨付完毕，资金到位时间迟缓，严重影响工程项目设施建设。
扩展资料
审计方法
1、顺藤摸瓜法。
通过对资金运动轨迹的跟踪，对每一笔资金的来龙去脉追查到底，沿着资金流向，资金到哪追到哪，涉及哪个单位查哪个单位，一直查到资金的最终用途。
2、调查法。
此法适用于发现账外线索和核实发票审计，是获取账外审计线索或审计证据最有效的方法。审计人员在审计过程中，通过专业判断，认为被审计单位存在账外收支款项或支出票据中存在虚假发票，就要采取延伸调查的方法予以核实。
3、银行存款核对法。
适用于专项资金审计，是发现专项资金转移 挪用最有效的方法。不仅要对余额 未达账项进行核对，而且要对每一笔发生额进行核实，对不符的款项或虽然相符但认为有异常的款项，要进行延伸审计开户行和到对方单位进行核实，查清专项资金的具体使用用途。
4、分析性复核法。
分析性复核是指审计人员对被审计单位重要的比率或趋势进行分析，主要目的是发现异常事件和数据，是审计人员进行综合判断的基础。对分析中发现的差异，特别是对异常变动进行调查，必要时要适当追加审计程序。
存在问题
1、审前调查了解和准备不充分，对专项资金的“ 专项性” 不熟悉。
内部控制测评、重要性水平确定与审计风险评估是编制审计方案的三个重要参数. 由于审计机关人力与时间的限制. 审前准备时间受到很大压缩. 专项资金在项目的立项背景、政策制定、资金管理和运作模式、
申报批复和验收程序等方面具有专业性和其行业特殊性. 审计人员在审前调查阶段. 主要忙于对上述基本情况的初步收集和专业概念的学习与理解。
2、实质性测试不足. 样本不充分导致审计取证不足以透彻说明问题。
专项资金重在发挥国家扶持和引导示范的作用， 其业务性质、运作方式和效益水平错综复杂。
3、审计方法和技术手段相对落后影响审计信息准确。
（1）专项资金的审计大多还停留在账项基础审计层面。仍以资金记录为主线， 从账户人手， 倚重传统经验， 从现象推断本质、部分推断总体进行分析判断。这种思维惯性会在审计纵深交错的项目时. 导致不成熟的观点和错误结论产生。
（2）一项资金涉及几百上千项目甚至千家万户，财政部门和主管部门未设立系统的项目库和信息库， 项目单位也未建立业务信息台帐. 审计设计表格多是闭门造车， 与实际运作不衔接， 表格数据分析利用价值不高。
（3）专项资金的政策投向主要在基建投资，项目主要工程量的落实需要到现场查勘、丈量、测算、抽样化验，但审计测量工具和手段无法达到专业验证.在大部分审计领域仍采用相当传统落后的验证手法，
审计人员的专业知识也不可能面面俱到，导致审计发现的诸如工程预算与结算不符、实际建设与设计不符等问题只能浅表定性。
参考资料来源：百度百科——专项资金审计