异地住院医保报销流程如下：
1、按当地医保规定，到异地看病人员应先到参保地的医保经办部门办理异地就医登记备案手续，在异地就医发生的医疗费用由本人先行垫付，就医结束后，凭相关票据到参保地的医保经办机构办理报销手续。
2、如果参保地与就医地实现医保联网结算，需到异地的人员按当地医保相关规定办理异就医手续后，即可到就医地刷医保卡就医，直接结算医疗费用，不需本人垫付医疗费用后报销，这种方式目前在有的省内已实现，有的地方也实现跨省之间的联网结算。
3、参保地与参保人要去的就医地建立了医保代报销协作关系，这样参保人只要按规定在参保地的医保经办部门办理了相关的登记备案手续后，在就医地发生的医疗费用只直接委托就医地的医保经办机构办理报销。
【法律依据】：《中华人民共和国社会保险法》第二十九条 参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。
社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。
《国家卫生计生委、财政部关于新型农村合作医疗异地就医联网结报的补充通知》第三条规范异地就医结算资金支付流程：参合人员经规范转诊跨省异地就医时，出院只需支付个人自付费用，定点医疗机构先行垫付异地就医结算补偿费用。定点医疗机构定期向就医地省级新农合经办机构提交回款材料，申请垫付资金回款。就医地省级新农合经办机构审核定点医疗机构的垫付资金申请材料，按照核定金额定期向定点医疗机构拨付异地就医结算补偿费用。对于部分占用资金较多的定点医疗机构，就医地省级经办机构可以向其预付部分资金。
跨省就医结算的基金支付部分可在省际间实行先预付后结算，预付资金额度为可支付两个月资金。跨省异地就医预付及结算资金由参合地省级财政专户与就医地省级财政专户进行划拨。就医地省级新农合经办机构汇集并对辖区内定点医疗机构的垫付资金申请材料进行清分，提交至参合地省级新农合经办机构。参合地省级新农合经办机构审核确认后向同级财政部门提交资金拨付申请。参合地省级财政部门在确认跨省异地就医资金全部缴入省级财政专户，对经办机构提交的预付及清算单和用款申请计划审核无误后，在10个工作日内向就医地省级财政部门划拨预付和清算资金。就医地省级财政部门在完成预付和清算资金收款后，5个工作日内将收款信息以书面形式反馈就医地省级经办机构，就医地省级经办机构据此进行会计核算，并将划拨及收款信息及时反馈参合地省级经办机构。因费用审核发生的争议及纠纷，由就医地和参合地省级新农合经办机构依据协议妥善协商处理。
新农合由卫生计生部门管理且没有设立省级经办机构的地区，可委托商业保险公司等金融机构开展省内及跨省异地就医结算工作。委托具有资质的商业保险机构成立省级结算中心的地区，可在省级结算中心开设专门用于异地就医费用结算的账户。商业保险机构专门账户产生的利息收入定期转入财政专户。
为加快推进异地就医结算工作，对于就医地新农合交由其他部门管理的省份，可由商业保险公司等金融机构先行向就医地定点医疗机构结算垫付资金，参合地省级经办机构在审核后提请同级财政部门将垫付资金从财政专户拨入商业保险公司等金融机构账户。
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