1861年4月15日，林肯发表宣言，宣布参加同盟的南部各州为叛乱州。北方广大群众纷纷涌向街头和广场，参加各种集会，一致要求政府采取坚决措施，制裁叛乱者。到6月底，已有31万人参加了志愿兵。
内战爆发后，在双方实力对比上，北方占有压倒优势。留在联邦的23个州，人口2200多万，工业发达，资本雄厚。南方同盟11个州，人口只有900万，其中黑人近400万人，而奴隶主只占极少数，工业产值和资本都不到全国的十分之一。更重要的是，联邦政府进行的是反对黑人奴隶制、维护国家统一的正义战争，得到广大工人、农民、黑人和资产阶级的支持，而南方同盟战争的目的是推行奴隶制度，分裂联邦，遭到广大非奴隶所有者阶级的反对，尤其是黑人奴隶的反抗斗争。但是在战争初期，南方同盟在军事上占有暂时优势，联邦军队却连遭挫折。
1862年1月，林肯发布命令，对南方发动全面攻势。
在人民群众的推动力下，林肯政府采取了一些革命措施，调动了北方劳动人民投身战争的积极性。5月20日，林肯签署了《宅地法》，这项措施满足了农民对土地的迫切要求，促进了西部的开发和人口西移，防止了奴隶制向西扩张，激发了广大人民参加战斗的积极性。《宅地法》是林肯政府颁布的重要法令。
在战斗中，林肯逐渐认识到，为了摧毁南方的经济力量，维护联邦的统一，夺取战争的最后胜利，必须利用黑人这支重要的战斗力量。9月22日，林肯顶住了反动派的压力，颁布了亲自起草的《解放宣言》初稿，郑重宣布从1863年1月1日起，解放叛乱诸州的黑人奴隶。《宣言》明确了林肯政府进行战争的目标，不仅是维护联邦的统一，而且也是为了消灭万恶的奴隶制度。
1863年1月1日，林肯政府又发表了正式《解放宣言》，在全国和国际上引起了巨大的反响。
消息传到南方叛乱诸州，先后有50万奴隶逃出奴隶主的种植园，配合联邦军队，展开游击战。参加联邦军队作战的20万黑人中来自南方的黑人奴隶就占了13.4多人。此外，还有25万黑人在部队其他各种后勤部门服役。黑人战士具有争取自身解放的理想，斗志昂疡，作战勇敢，在战斗中起了决定作用，为战争的胜利作出了不可磨灭的贡献。广大黑人参战沉重打击了奴隶主势力，使内战发展成为真正群众性的革命战争。此时，战局开始剧变，1863年，联邦军队由防御转入进攻。
7月4日，联邦军队先后取得了葛底斯堡大捷和维克斯堡大捷。从此，联邦军队转入反攻，同盟军队一蹶不振。
11月19日，在葛底斯堡为国家烈士公墓举行的落成典礼上，林肯发表了誉满全球的演说词。
1863年3月9日，林肯任命格兰特为陆军总司令，负责指挥全军。格兰特和西线最高指挥官威廉·谢尔将军作了新的军事部署，决定在东西两线同时展开强大攻势。
当联邦军队节节胜利时，11月8日，进行了全国大选。在人民群众支持下，林肯击败民主党候选人乔·麦克莱伦，再次当选为美国总统。1865年1月1日，国会通过宪法第十三条修正案，表明战后在美国领土上不能再有一个奴隶了，万恶的奴隶制度终于被埋葬了。
3月4日，林肯宣誓就职，连任美国总统。4月9日，叛军向格兰特将军投降，内战宣告结束。4月14日夜，当林肯正在华盛顿福特剧院与群众一起观看演出庆祝胜利时，受奴隶主支使的奸细约翰·布思向他开枪了。林肯头部中弹，倒在血泊之中。次日上午7点22分，伟大的资产阶级革命家亚伯拉罕·林肯与世长辞。
马克思在《国际工人协会致安德鲁·约翰逊总统的公开信》中给林肯很高的评价。他指出：“他是一位达到了伟大境界而仍然保持自己优良品质的罕有的人物”。