根据《中华人民共和国印花税暂行条例》及其实施细则的规定： 营业帐簿:记载资金的帐簿按“实收资本”和“资本公积”总额万分之五贴花，以后年度资金总额比已贴花资金总额增加的，增加部分应按规定贴花。
其他帐簿按件贴花五元贴花。
因此，1994年注册的私营企业，应当已经按照“实收资本”金额（即：注册资本）缴纳了印花税，如果现在实收资本”和“资本公积”科目的合计数比已贴花资金总额增加的，只对其增加部分应按万分之五贴花。
即使94年没有贴花（缴纳印花税），根据《中华人民共和国税收征收管理法》第52条第2、3款的规定： 因纳税人、扣缴义务人计算错误等失误，未缴或者少缴税款的，税务机关在三年内可以追征税款、滞纳金；有特殊情况的，追征期可以延长到五年。
对偷税、抗税、骗税的，税务机关追征其未缴或者少缴的税款、滞纳金或者所骗取的税款，不受前款规定期限的限制。
因此1994年的印花税到现在15年了，即使未缴纳也超过了追溯期，不应当补税。
根据您的表述，税务机关没有理由认定贵公司是偷税。
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