由于形成的原因不同，可以分成①先天性肝囊肿，②创伤性肝囊肿，③炎症性肝囊肿，④肿瘤性肝囊肿，⑤寄生虫性肝囊肿。平常我们见得最多的90%以上的囊肿就是先天性肝囊肿（也叫真性囊肿）。
创伤性肝囊肿是肝脏外伤后的血肿或组织坏死液化形成的一个囊腔，因为它不是一个真正的囊肿，所以也把它叫做假性囊肿。
炎症性肝囊肿是由胆管发炎或结石梗阻引起的胆管囊状扩张，内容物是胆汁，也叫胆汁潴留性囊肿。
肿瘤性囊肿包括畸胎瘤、囊状淋巴管瘤、囊腺瘤等。
寄生虫性囊肿主要是肝包虫性囊肿，病人在牧区接触犬、羊或直接食入棘球蚴绦虫卵后，虫卵在肠道孵化成幼虫进入血液停留肝脏生长发育成包虫成虫，并在肝脏内形成包虫生活的一个“窝”，这个“窝”就叫肝脏包虫囊肿。
肝脏先天性囊肿是一种胚胎发育障碍性疾病，所以说它是一种良性的、先天性的疾病。说它良性，是说它一不是肿瘤、二不是癌症、也很少癌变，它是肝脏里面的一个“小水球”，球壁是上皮细胞，球内是水，上皮细胞产生水，使水球不断膨胀变大。说它是先天性，是说它的正常细胞在胚胎期没有发育好，不是说它在胚胎或出生后就开始长囊肿，大多数都在身体不长或衰退性即成年或老年时开始长大。
先天性肝脏囊肿分为单发、多发及多囊肝。
多囊肝
囊肿的数量可多可少，少则一个，几个、十几个，多则成千上万个（多囊肝）。囊肿的大小可大可小，有些很小，只有几个毫米；有的黄豆大小，葡萄大小，鸡蛋大小；有的可大到20多厘米。囊内液体少则1毫升，多则可达上万毫升。多囊肝常常合并有多囊肾。
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