明朝皇帝中，有两位皇帝以明朝为都，就是明太祖朱元璋和建文帝朱允炆。到1420年，明朝第三个皇帝明成祖朱棣迁都至顺天府，也就是今天的北京。
1、明太祖朱元璋（1328年10月21日-1398年6月24日），安徽凤阳人，汉族，生于濠州钟离，原名重八，后取名兴宗，参加郭子兴军改为现名朱元璋。政治家，战略家，军事统帅，明朝开国皇帝。朱元璋幼时贫穷，曾为地主放牛。1367年命徐达、常遇春以“驱逐胡虏，恢复中华”为口号，举兵北伐。1368年初，朱元璋在应天府称帝，国号大明， 年号洪武。当年秋攻占大都，结束了元朝在全国的统治，蒙古贵族北逃，后晋割让的幽云十六州也被收回。又平定西南、西北、东北等地，最终统一中国。
2、朱允炆（1377年12月5日—？），明朝第二位皇帝，明太祖朱元璋之孙、懿文太子朱标次子，1398年6月30日－1402年7月13日在位，年号建文，故后世称建文帝，又作朱允文、朱允汶。明洪武三十一年（1398年）继位为帝，朱允炆在位期间增强文官在国政中的作用，宽刑省狱，严惩宦官，同时改变其祖父朱元璋的一些弊政 ，史称“建文新政”。朱允炆于靖难之役后下落不明，时驸马都尉梅殷在军中，从黄彦清之议，为发丧，追谥孝愍皇帝，庙号神宗，壬午以后谥不行。
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明朝是一个由汉族建立的大一统王朝，共传十六帝，享国二百七十六年。在元末民不聊生，爆发红巾起义，朱元璋加入郭子兴队伍。1364年朱元璋称吴王，建立西吴。1368年朱元璋称帝，国号为大明，因皇室姓朱，又称朱明，定都于应天府；1420年朱棣迁都至顺天府，以应天府为陪都。
明初历经洪武之治、永乐盛世、仁宣之治等治世，政治清明、国力强盛。中期经土木之变由盛转衰，后经弘治中兴、嘉靖中兴、万历中兴国势复振，晚明因东林党争和天灾外患导致国力衰退，爆发农民起义。1644年李自成攻入北京，崇祯帝自缢殉国，明朝覆灭。明朝宗室在江南建立南明，随后清朝击败大顺、大西、南明弘光、隆武、绍武等诸政权。1662年永历帝被杀，南明覆灭。
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自唐朝以后，江南经济迅速发展并超过北方，成为全国的经济重心所在。位于长江三角洲西端的南京和其上下游的采石、瓜洲一起构成的江防体系是保证江南安全的直接屏障。同时，南京自身的地理条件也十分优越。因此，几乎所有占据江南的地方性政权都以南京作为首都。明太祖朱元璋也以金陵作为基地统一全国建立明朝。
明初的南京城自外而内，有外城、内城、皇城、宫城四层。内城周长九十六里，外城周长一百八十里，是全国最大的城市。 与历代故都近似方形的布局不同，明南京城形状颇不规则。
由于历代统一王朝的都城都在中原，明朝统一全国之初，明太祖便打算择机将京师迁往北方。
洪武元年，下诏以汴梁为北京，以金陵为南京，效仿周唐的两京故事。洪武二年，朱元璋又在故乡凤阳营建中都，同时下令从江南移民中都。但是开封和凤阳都是久经战乱，破败不堪，难以承担京师的重任，朱元璋于是放弃了迁这两处的打算。洪武十一年，罢北京，改南京为京师。
南京皇宫是填湖所建。建成之后，由于地表下沉，逐渐形成南高北低的态势，在风水上是不祥的征兆。洪武二十四年，明太祖派遣太子朱标考察关中地区，为迁西安作准备。然而第二年朱标病逝，沉重打击了明太祖，令其不愿再劳师动众地更换京师。
靖难之役后的永乐元年（1403年），礼部尚书李至刚等奏称，燕京北平是皇帝“龙兴之地”，应当效仿明太祖对凤阳的做法，立为陪都。明成祖于是大力擢升燕京北平府的地位，以北平为北京，改北平府为顺天府，称为“行在”。同时开始迁发人民以充实北京；被强令迁入北京的有各地流民、江南富户和山西商人等百姓等。
永乐四年，下诏兴建北京皇宫和城垣。
永乐七年，明成祖以北京为基地进行北征，同时开始在北京附近的昌平修建长陵。将自己的陵墓修在北京而不是南京，证明明成祖已经下定决心。
永乐八年，亲征回师后，明成祖下令开会通河，打通南北漕运。永乐十三年完工，从此北京所需物资可以通过相对经济地运输。
永乐十四年，明成祖召集群臣，正式商议迁北京的事宜。对于提出反对意见的臣工，明成祖一一革职或严惩，从此无人再敢反对。次年，北京紫禁城正式动工。
明朝建国初期，洪武建文两朝都是以南京为都。到了明朝后期，崇祯帝死后，南明也以南京为都，历时一帝。
最终明朝以南京为都共三个皇帝。