对于运输费的处理要区别不同的情况：
（1）销售方销售货物向买方收取的运费或者其他杂费的，实际上是作为自己的收入，属于价外收入，应该换算成不含税价缴纳增值税，其中的税率确认的原则是按照所售货物的税率，如果运输的是17%税率的货物，收取的运费也按照17%缴纳增值税，如果运输的是适用13%低税率的货物，那么收取的运费也按照13%缴纳增值税。
（2）企业销售货物或者购进货物时委托运输企业承运货物，向运输企业支付的运费（不含装卸费、保险费等杂费），并且取得了运费企业为其开具的运费发票的，可以按照7%的比例抵扣进项税。
运输业发票抵扣联认证后也是可以抵扣7%的税的.只有运费和建设基金可以抵扣.
运费是按照7%来计算抵扣额的（须有抵扣联）。直接用运费金额*7%。你取得的运费发票不需缴纳印花税。
按照增值税法的有关规定,运输发票的进项税额只能按照运输发票的票面金额的7%计算抵扣.
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