第1集:旅行开始,从真砂镇到双叶镇 (小光登场、小智的长尾怪手归队)
第2集:寻找皮卡丘!202号道路! !(小智收服姆克尔、小次郎得到尖牙笼、小刚归队)
第3集:对战劲敌 三对三 !(小光加入)
第4集:圆企鹅对战含羞苞 小光的初次战斗!
第5集:收服草苗龟(小智收服草苗龟)
第6集:迷惑之森,与真嗣的再度相遇
第7集:圆企鹅加油!
第8集:谜之道馆的不良蛙!(小刚得到不良蛙)
第9集:和卷卷耳一起玩 (小光收服卷卷耳)
第10集:神奇宝贝手表入手困难 (小光得到神奇宝贝手表)
第11集:小光!华丽大赛初登场!!
第12集:华丽大赛战斗!劲敌对决!
第13集:胖胖翁加油! (小智的姆克尔进化成姆克鸟)
第14集:一切交给小刚吧! (小刚的爱哭树进化成胡说树)
第15集:黑铁道馆!平田对战真嗣!
第16集:头盖龙VS皮卡丘!
第17集:古代小精灵大进击!
第18集:再战黑铁道馆!决战暴槌龙 (小智得到黑铁徽章)
第19集:收服帕奇利兹没问题? (小光收服帕奇利兹)
第20集:神奇宝贝猎人J !
第21集:最强的鲤鱼王与最美的笨笨鱼!
第22集:帕奇利兹VS长尾怪手!
第23集:爆走的大钢蛇,守护大牙狸之村!
第24集:小智对抗皮卡丘!?
第25集:罗斯蕾朵与花之传说!
第26集:神奇宝贝华丽大赛,索诺大会 !
第27集:决战,圆企鹅对舵企鹅! (小光得到缎带)
第28集:鬼飘飘与北风的使者!
第29集:小智与小光,双人合作赛没问题!?
第30集:白岱之森,蓑衣虫进化作战!
第31集:草苗龟对草苗龟!速度对决!
第32集:琥珀之城的女王蜂!
第33集:神奇宝贝变装大会 (小刚得到蛋)
第34集:泳气鼬!通向最强的道路 (小光收服泳气鼬)
第35集:四天王悟松与青铜众!
第36集:神奥时空传说!
第37集:白岱会馆!对战莱子! (小智得到三叶徽章)
第38集:高速自行车道上的伟大诞生!! (小刚的蛋孵化成粉红蛋)
第39集:皮卡丘看家?!
第40集:冠军,希罗娜登场 !
第41集:小光与小希与双人表演
第42集:落雷兽训练中心!
第43集:巫妖!从恶梦中逃脱!!
第44集:帮助迷路的沼泽河马!
第45集:猎人J再次登场!守护盾面龙
第46集:迷路曳行!全员紧绷!
第47集:美留与凯西与水之底!
第48集:小智与小光!迎向新的冒险!!
第49集:神奇宝贝华丽大赛!茵缘大会!!
第50集:全员参加!双人合作赛!!
第51集:小火猴VS猫鼬斩!命运之战!!
第52集:双人合作赛!决胜战!!(小智收服小火焰猴)(真嗣的电击怪进化成电击兽)
第53集:小火猴之泪!
第54集:菜子与沙漠奈亚!再见是为了谁!(小次郎的沙漠奈亚离队)
第55集:长尾怪手与泳气鼬!各自的道路!!(小光的泳气浮鼬和小智的长尾怪手交换)
第56集:花岩怪的封印石!
第57集:呆水狸知道了!!
第58集:红钢鼻!热血之魂!
第59集:雷电狮的眼睛!
第60集:花蕊遗迹的未知图腾!(小光的长尾怪手进化成双尾怪手)
第61集:神奇宝贝华丽大赛,花蕊大会!(武藏得到缎带)
第62集:女仆咖啡店的大奶罐
第63集:小山猪三只组与温泉蒸气对战
第64集:天蝎王与天蝎(小智收服天蝎,嫩苗龟学会能量球,真嗣收服天蝎王)
第65集:帕奇利兹在沙河马里
第66集:路卡利欧,愤怒的波导弹
第67集:小光初次挑战道馆战!(小智的姆克鸟学会勇鸟)
第68集:户张道馆!路卡利欧VS泳气鼬!(小智得到格斗徽章)
第69集:时尚达人!名叫银河图!
第70集:振作起来,小风铃!
第71集:神奇宝贝保育家!波导的利欧路!-前篇
第72集:神奇宝贝保育家!波导的利欧路!-后篇
第73集:再见了 毒粉蝶!(武藏的毒粉蝶离队)
第74集:皮卡丘!雷丘!通向进化的道路!!
第75集:华丽大赛尊者——米可利登场!!(小遥登场)
第76集:七星级餐厅!以联协战斗享受豪华宴席!!(小遥归队)
第77集:强敌云集!米可利杯!!
第78集:激斗!各自的劲敌!!
第79集:决战!小光对小遥!!(小遥离队)(小光赢得缎带)
第80集:阳阳玛!收服作战!!(武藏收服服阳阳玛,阳阳玛进化成梅卡阳玛)
第81集:灼热的小火猴!
第82集:野濑大湿原的毒蟾斗士庆典!?
第83集:野濑会馆!VS最强的假面!!(小智得到波纹徽章)
第84集:里山先生家的大食客小山猪!(小光收服小山猪)
第85集:天蝎!友情之翼!!(小智的天蝎进化成天蝎王)
第86集:茵缘时装系列发布会!通往神奇宝贝造型师之路!!
第87集:挡路的可达鸭
第88集:宠物小精灵夏日学校课程!
第89集:研究发表『湖之传说』!
第90集:放学后是幽灵时间!
第91集:最后的大胜负!宠物小精灵铁人三项!!
第92集:回归原点的火箭队!?
第93集:跳的拳击练习场领导人!梅丽莎登场!
第94集:电栗鼠发烧了! 两人来看护!?
第95集:神奇宝贝华丽大赛!神巫大会!(小光获得缎带)
第96集:银河团的袭击!!(前篇)
第97集:银河团的袭击!!(后篇)
第98集:漂浮的未知怪物!?(再次遇见小葵)
第99集:四天王阿柳!相会与离别的森林!
第100集:嫩苗龟、树林龟…然后土台龟!(小智的嫩苗龟进化为树林龟)
第101集:劲敌训练家·小纯登场!!
第102集:缘之道馆战!对抗梅丽莎!!(小智得到茵缘徽章、武藏获得缎带勋章)
第103集:混战混乱 水脉市!
第104集:克雷色利亚对抗达库莱伊! (小光的小山猪进化为长毛猪)
第105集:羊羹与洛托姆!
第106集:与神奇宝贝友好相处之道!? (小光的长毛猪进化为象牙猪)
第107集:战槌龙对抗护城龙!!
第108集:水脉道馆战!钢铁的对战!(小智得到钢铁徽章)
第109集:迷路的吼吼鲸!
第110集:阿玄与路卡利欧!
第111集:钢铁岛的遗迹!
第112集:皮卡丘与圆企鹅漂流记!
第113集:恶作剧的霏欧纳
第114集:神奇宝贝华丽大赛!通草大会(小光得到缎带)
第115集:野蛮的君莎与搭档音符鹊!
第116集:暴风雪中的雪妖女!
第117集:火箭队解散!?
第118集:神奇宝贝圆环!天空大决战!(小智的姆克鸟进化成姆克鹰)
第119集:激烈冲突!象牙猪对抗波士可多拉
第120集:教学!神奇的口袋中的宝贝!
第121集:孤独的雪笠怪!
第122集:进化,这次是圆企鹅!?
第123集:神奇宝贝华丽大赛 立浪大会!
第124集:神奇宝贝乒乓大会!双尾怪手加油!(小光的双尾怪手离队)
第125集:樱花宝!勇气对战!?
第126集:训练家培育学园的铃奈老师!
第127集:切锋道馆!冰之对战!(小智得到冰河徽章)
第128集:对战金字塔!真嗣对抗神代
第129集:复活的雷吉奇卡斯!J再度登场!
第130集:电龙列车!“好看”登场!
第131集:全员对战!真嗣对抗小智!(前篇)
第132集:全员对战!真嗣对抗小智!(后篇)(小智的小火猴进化成猛火猴)
第133集:由克希之影 !
第134集 森林之王,巨蔓藤
第135集 全员参战 神奇宝贝齐心协力
第136集 时间和空间!银河团的野心!
第137集:玛力露·圆企鹅·电击怪!
第138集:小光对抗妈妈!亲子对决!
第139集:救出大木博士!牛蛙君对抗毒蟾斗士!
第140集:天然雀,天然鸟…不可思议的森林!
第141集:对战塔大君!那位男子叫山棕!
第142集:历史上最坏的波克比!
第143集:城都之日!菊草叶与小锯鳄登场!(琴音、和也加入,小光得到蛋,并孵化成火球鼠)
第144集:迷宫捕获!?山谷中的风力发电厂!
第145集:圆陆鲨…收服到了!(和也收服圆陆鲨)
第146集:神奇宝贝华丽大赛!睡莲大会!
第147集:小智与小光!双打对战!(和也的小锯鳄进化成蓝鳄,琴音、和也离队)
第148集:梦妖与黑暗鸦与暗之石!
第149集:皮卡丘和圆企鹅分开了!
第150集:红的锁链!银河团起动!
第151集:亚克诺姆·由克希·艾姆利多!
第152集:帝牙卢卡与帕路奇亚!最后的战斗!
第153集:危险满满!小次朗的宝箱!
第154集:空中大师登场!天蝎王vs巨钳螳螂!(天蝎王离队)
第155集:双人对战!象牙猪与火球鼠!
第156集:圆陆鲨与龙星群!(小智和圆陆鲨相遇)
第157集:收服到圆陆鲨了!(小智收服圆陆鲨)
第158集:爆走!自爆磁怪VS巨金怪!!
第159集:急冻拳!泳气鼬对抗吸盘魔偶!!(小智的泳气鼬学会急冻拳)
第160集:燃烧吧卡比兽!神奇全能的王者!!(未发布)
第161集:神奇宝贝华丽大赛!朝月大会!!(未发布)
第162集:双打比赛!VS正电拍拍・负电拍拍!!(未发布)
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