是的，女子在南京地铁车厢喝水被开罚单是合理的。
因为根据《南京市轨道交通条例》的规定，禁止在列车内饮食，所以这名女子在南京地铁车厢内喝水被罚是有法律依据的。
首先，地铁作为一种公共交通工具，其环境卫生的保持对于所有乘客的乘坐体验都非常重要。如果允许在地铁车厢内饮食，可能会产生垃圾、异味，甚至引发一些卫生和安全问题，这对于其他乘客是不公平的。因此，南京地铁禁止在列车内饮食的规定是为了维护地铁车厢的整洁和卫生，确保乘客的舒适和安全。
其次，对于罚款的依据，《南京市轨道交通条例》作为地方性法规，对于南京市的轨道交通运营和管理具有法律效力。该条例明确规定了在列车内禁止饮食，违反者将被处以罚款。因此，南京地铁根据这一规定对女子进行罚款是有法律依据的。
综上所述，女子在南京地铁车厢喝水被开罚单是合理的，因为她的行为违反了《南京市轨道交通条例》的规定。通过这一事件，也提醒广大乘客在公共交通工具上要遵守相关规定，共同维护良好的乘车环境。