法律分析：劳动者上班了但是没打卡，公司要扣劳动者的工资是不合理的，用人单位可以根据考勤制度和绩效考核制度扣取部分绩效工资。
法律依据：《工资支付暂行条例》
第十五条 用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资： （一）用人单位代扣代缴的个人所得税； （二）用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用； （三）法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费； （四）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。
第十六条 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
第十七条 用人单位应根据本规定，通过与职工大会、职工代表大会或者其他形式协商制定内部的工资支付制度，并告知本单位全体劳动者，同时抄报当地劳动行政部门备案。
第十八条 各级劳动行政部门有权监察用人单位工资支付的情况。用人单位有下列侵害劳动者合法权益行为的，由劳动行政部门责令其支付劳动者工资和经济补偿，并可责令其支付赔偿金： （一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的； （二）拒不支付劳动者延长工作时间工资的； （三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的。 经济补偿和赔偿金的标准，按国家有关规定执行。
第十九条 劳动者与用人单位因工资支付发生劳动争议的，当事人可依法向劳动争议仲裁机关申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。