毛霉是一种常见的受菌株污染的杂菌，生长迅速，发生普遍，喜高温高湿。在高温高湿的条件下，通风不良的发生率很高。毛霉经常以有机物为食。成熟孢子在空气中扩散，在温度和湿度适宜时菌丝在有机物上萌发，尤其是在高温高湿环境下，生长迅速。在菌种生长过程中，培养料和接种工具的消毒灭菌不彻底，或者工人没有严格遵守无菌操作要求，或者菌种瓶和菌种袋的棉签受潮，会造成污染。培养室长期通风不良时，毛霉菌病发病率高。
培养基破损后，菌丝灰白色，粗壮，生长迅速。后期，气生菌丝顶端出现许多黄白色圆形颗粒，然后逐渐变黑。毛霉和灵芝菌丝争夺养分和水分。毛霉分解蛋白质能力强，抵抗力强，能抑制菌丝生长。在装秧和打秧过程中，要杜绝打秧打洞，防止秧杆口密封不良和窝口通风不良。避免无棉盖体和直径环扣不严密的现象。如果在苗木灭绝前发现上述情况，要及时挑出并进行再加工。灭菌应彻底破坏培养基中的杂苗。无论是高压消苗还是常压消菌，都要在达到暖脚时进行。
如果车间生产的冷却室不能满足无苗的条件，则需在接种前消除对苗棒外观的影响，以防止杂苗孢子在黄色装载口落入周状态。当拔出秧棒时，秧袋内产生负压，秧攻口周围的杂苗被吸入秧袋内。严格选择和使用不携带链霉菌的幼苗。使用前，仔细消毒幼苗瓶(容器)的表面，最好用75%杀精剂仔细更换。接种严格按照无苗操作流程进行。仔细检查发现有封口疏松、有微孔的口袋，大孔的苗全部挑出送回生产车间。防止疾病从口入。
它的灰白色气生菌丝被链格孢菌污染后，在培养基中迅速膨胀，向下生长到瓶底或袋底，很快在菌丝上层产生橙红色或白色粉末；它可以延伸到棉塞，很快在棉塞外形成橙红色或白色的分生孢子堆。感染子实体，迅速覆盖子实体，引起腐烂。常发生在高温季节菌株的生产期。脉孢菌在自然界分布广泛，容易出现在玉米芯、棉籽壳以及富含淀粉和糖的有机物中。脉孢菌的孢子通常在高温下生长在潮湿的玉米芯上。与二氯异氰尿酸钠消毒粉混合使用，可有效控制烟草赤星病的发生。强调干干净净的品系和产卵地。一旦发现某些菌袋生长链格孢属。，立即用薄膜袋覆盖，从菇房中取出深埋，用二氯异氰尿酸钠消毒粉溶液或含腐霉利、百菌清的烟剂喷洒感染部位进行杀灭。