只有魔法有魔法阵，
炼金术本人没听说有什么阵。很多人在这个地方存在误解，实际上魔法阵在仪式操作中的作用就是划定一个用来进行魔法操作的空间，他主要的作用是：
1.与俗世的通常状态相区分，使魔法师知道自己此时是在做一些非比寻常的事情。
2.保护魔法师不受负面实体的骚扰。
3.使魔法师的精神与更宏观的存在相结合。
以上是魔法阵的作用，但不包括全部，在此仅是略举几例。所以魔法阵既是魔法师要进行非凡操作的一个标志，亦是保护自己的一个壁垒。而在现代，非古典魔法的实践者很多时候并不使用魔法阵，而是用一些先导步骤，例如小五芒星驱逐仪式（Lesser Banishing Ritual of the Pentagram）这一类的方法来达到这种效果。
驱逐仪式的作用和魔法阵是有一些类似的，首先驱逐可以净化某个区域内的能量（此能量非物理概念）和灵体，然后划定一个执行魔法的空间。而在驱逐仪式结束之后，往往还有一个引入新能量的步骤，以此来进行魔法的操作，例如瞭望塔仪式（The Watchtower Ritual）。当然不同的传统有不同的方法，这两个步骤是很多魔法仪式的重要先导流程。
而虽然魔法阵与炼金术没什么关系，但是这种先导步骤与炼金术是有关的，或者说，它们在理念上是有关系的。在炼金术中有一种叫做“离合（spagyrics）”的过程，是一种用来制备草药的方法。它通过将草药的三要素（对于草药来说是酒精、油和碱）分离，然后再将这种分离的元素再聚合，从而使这种草药产物经过这种过程变得更加完美。因为炼金师认为分离象征死亡，聚合代表重生，每经过一个这样的步骤都会使其进行演化，趋于完满，在炼金术中这种死亡再生的流程是一个很基本的操作。
因此，在仪式的先导步骤中：
驱逐有害的能量和实体=分离=死亡
重新招请能量进入区域=重聚=再生
因此这其实是一个炼金术步骤，或者说借用了炼金术概念的魔法仪式流程，或者是一个炼金和魔法之间的巧合。
上面的可能有点偏离题意，是我看到题主谈到魔法阵，又询问炼金和魔法，所以啰嗦了几句。
谈到它们的区别，那么分别了解它们是什么是很重要的。但是充分探讨它们的完整含义和边界是一个非常复杂的事情，既超出了这个问题的范畴，也超出了我的个人能力之所及。所以我在此采用一些简单的定义，如有不恰当还请见谅。在简短的定义中：
炼金是一门转化的艺术，它追求将一物变为另一物，目的是使事