亳州市民政局机构设置包括多个部门，以高效服务社会公众。首先，其内部设有八个主要职能科室，分别是:
办公室: 负责日常行政管理和协调工作。
优抚安置科: 关注退伍军人和烈士家属的抚恤与安置事宜。
救灾救济科: 在自然灾害或紧急情况下提供援助和救助。
区划地名科: 负责地名管理和行政区划的相关工作。
基层政权和社区建设科: 促进基层社会治理和社区发展。
社会福利和社会事务科: 管理和促进社会福利政策的实施。
老龄办: 专门关注老年人的权益保障和老龄工作。
民间组织管理科: 监督和指导民间社会组织的活动与管理。
此外，还有四个事业单位支持其运作:
市救助站: 提供紧急救援和临时安置服务。
市福彩中心: 负责福利彩票的发行和管理。
市城市低保中心: 管理城市居民最低生活保障制度。
市社会捐助接收工作站: 接收并分配社会捐赠，用于公益事业。
这些部门和单位共同构成了亳州市民政局的坚实架构，致力于维护社会公正和民生福祉。