南京的大学有：南京大学，东南大学，南京航天航空大学，南京理工大学，南京师范大学。
1、南京大学。
南京大学坐落于钟灵毓秀、虎踞龙蟠的金陵古都，是一所历史悠久、声誉卓著的百年名校。其前身是创建于1902年的三江师范学堂，此后历经两江师范学堂、南京高等师范学校、国立东南大学、国立第四中山大学、国立中央大学、国立南京大学等历史时期，于1950年更名为南京大学。
1952年，在全国高校院系调整中，南京大学调整出工学、农学、师范等部分院系后与创办于1888年的金陵大学文、理学院等合并，仍名南京大学。
1996年，南京大学被确定为国家“211工程”重点支持的大学；1999年，南京大学进入国家“985工程”首批重点建设的高水平大学行列；2006年，教育部和江苏省再次签订重点共建南京大学的协议；2011年，教育部和江苏省签署协议继续重点共建南京大学；2016年，南京大学入选首批国家级双创示范基地；2017年，南京大学入选A类世界一流大学建设高校名单，现有16个学科入选世界一流学科建设名单。
2、东南大学。
东南大学坐落于六朝古都南京，是享誉海内外的著名高等学府。学校是国家教育部直属并与江苏省共建的全国重点大学，是国家“985工程”和“211工程”重点建设大学之一。2017年，东南大学入选世界一流大学建设A类高校名单。
东南大学是一所历史悠久、底蕴深厚的大学。学校创建于1902年的三江师范学堂，后历经两江师范学堂、南京高等师范学校、国立东南大学、国立中央大学等重要发展时期。1952年全国高校院系调整，学校文理等科迁出，以原国立中央大学工学院为主体，先后并入复旦大学、交通大学、浙江大学、金陵大学等校的有关系科，在国立中央大学本部原址建立了南京工学院。
3、南京航空航天大学。
南京航空航天大学创建于1952年10月，是新中国自己创办的第一批航空高等院校之一。
1978年被国务院确定为全国重点大学；1981年经国务院批准成为全国首批具有博士学位授予权的高校；1996年进入国家“211工程”建设；2000年经教育部批准设立研究生院；2011年，成为“985工程优势学科创新平台”重点建设高校；2017年，进入国家“双一流”建设序列，现有航空宇航科学与技术、力学、控制科学与工程三个学科入选第二轮“一流学科”建设名单。
2012年12月、2021年4月，工业和信息化部、中国民航局先后签署协议共建南京航空航天大学。2018年12月，工业和信息化部、教育部、江苏省共建南京航空航天大学。
4、南京理工大学。
南京理工大学是隶属于工业和信息化部的全国重点大学，学校由创建于1953年的新中国军工科技最高学府——中国人民解放军军事工程学院分建而成，经历了中国人民解放军炮兵工程学院、华东工程学院、华东工学院等发展阶段，1993年更名为南京理工大学。
1995年，学校成为国家首批“211工程”重点建设高校；2000年，获批成立研究生院；2011年，获批建设“985工程优势学科创新平台”；2017年，学校入选“双一流”建设高校，“兵器科学与技术”学科入选“双一流”建设学科。
5、南京师范大学。
南京师范大学是国家“双一流”建设高校和江苏高水平大学建设高校。学校的主源可追溯到1902年创办的三江师范学堂，该学堂是中国高等师范教育的发祥地之一。
后历经两江优级师范学堂、南京高等师范学校、国立东南大学、国立第四中山大学、江苏大学、国立中央大学、国立南京大学等时期；其另一源头为1888年创办的汇文书院，后发展为金陵大学，1951年与金陵女子文理学院（曾称金陵女子大学）合并，成立公立金陵大学。
1952年全国高校院系调整，在原南京大学、公立金陵大学等有关院系的基础上组建南京师范学院，校址设在原金陵女子大学校址。1984年改办成南京师范大学。1996年进入国家“211工程”高校行列。2000年南京动力高等专科学校并入。
2015年成为江苏省与教育部共建高校。2017年入选国家首轮“双一流”建设高校。2018年成为教育部与江苏省共建“双一流”建设高校。2022年入选国家第二轮“双一流”建设高校。目前，学校正在着力建设“有国际影响的高水平大学”。