（一）注册会计师考试制度不够合理
1.报名条件较低、考试层级较少。具有高等专科以上学校毕业的学历、或者具有会计或者相关专业中级以上技术职称的中国公民，可以申请参加注册会计师全国统一考试。报考资格要求比较低，这与国外规定必须取得会计学学士学位方可报考的要求相去甚远。此外报名条件对学历、专业的限定较多，导致考试层级较少。
2.科目设置较少、实务经历要求低。目前注册会计师考试科目与英国特许会计师资格考试的科目相比较少，且考试内容理论不够深，实务不够强，与注册会计师专业胜任能力的要求相差甚远。
（二）注册会计师的业务范围偏窄
目前我国注册会计师向客户提供的业务内容分为鉴证业务和非鉴证业务两大类。鉴证业务主要包括财务报表审计、审阅、验资、预测性财务信息审核、内部控制审核等。非鉴证业务主要包括执行商定程序、代编财务信息、税务服务、管理咨询、会计制度设计、信息系统设计与完善、风险管理等。随着我国经济社会的全面进步和改革开放的持续深化，特别是我国经济与世界经济的日益融合，经济业务类型更加多样化，愈显注册会计师业务范围过窄。
（三）会计师事务所组织形式存在缺陷
目前国际上通行的会计师事务所组织形式主要有四种，即独资、普通合伙制、有限责任合伙制和有限责任公司制。而《中华人民共和国注册会计师法》规定了我国会计师事务所组织形式：合伙制和有限责任公司制两种形式。在无限合伙制形式下，合伙设立的会计师事务所的债务，由各合伙人承担无限连带责任，这种组织形式最能体现注册会计师行业的职业特性，符合社会公众的要求，并能促使注册会计师在执业时保持足够的谨慎和足够的压力，防止出现道德风险。但其不利于事务所做大做强。在有限责任事务所形式下，各出资者以其出资额承担事务所的债务，这种组织形式对注册会计师最有利，它可以减轻事务所的责任，有利于事务所扩大规模。但其突出的缺陷就是弱化了注册会计师在执业过程中的风险意识，容易出现道德风险，造成审计失败。我国会计师事务所体制本身就存在着各自的缺陷，并且随着我国经济环境和审计环境的发展和变化，这更加突出了我国会计师事务所体制所存在的缺陷，所以说我国目前的会计师事务所体制已经不能完全满足注册会计师行业发展的要求。
（四）审计委托人与被审计人集于一身，使审计关系中委托人形同虚设
实际中由于存在“一股独大”等问题，来自于发起人或控股股东的经营者事实上集公司决策权、管理权、监督权于一身，股东大会形同虚设。董事会不但不能对公司经营者起到应有的监督作用，相反，公司的董事会常常就是公司的管理层。经营者由被审计人变成了审计委托人，并且决定着审计人的聘用、续聘、收费等事项，完全成了事务所的“衣食父母”，从根本上破坏了审计关系结构，使审计失去了客观公正的基础。
（五）对审计质量控制基本准则执行情况不能有效地进行监督
我国注册会计师质量控制基本准则是在1997年1月1日开始施行的。2006年，新的质量控制准则出台，虽然新准则中规定了会计师事务所对特定业务执行质量的项目质量控制复核以及会计师事务所对自身的监控，但会计师事务所作为质量控制准则的执行者和监督者，必然使得质量控制准则的执行情况大打折扣，执行效果不得而知。而作为我国注册会计师行业的管理组织也只是在每年年末对会计师事务所进行少量的抽查。由于抽查量不大，并带有很强的随意性，因此不能形成有效的监督效果。
（六）对注册会计师独立性的规定存在漏洞
我国《注册会计师职业道德基本规范》规定：“注册会计师不得兼营或兼任与其执行的审计或其他鉴证业务不相容的其他业务或职务”。但这种规定不够具体和明确，指代不清晰，同时也未将其上升到法律层面，使执行很难到位。实际上许多不应被注册会计师同时提供的非审计服务仍然在执行。有些会计师事务所在向客户提供审计业务的同时，又提供代理记账、代理纳税、代理设计会计制度、担任会计顾问等会计服务业务，这事实上违背了内部控制中不相容职务应分离的规定。会计师事务所过度地介入被审企业的业务活动，必然会将两者的利益更紧密地捆绑在一起，审计就不可能再具有独立性，要求客观公正就只能是奢望。
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