( 一) 审前调查了解和准备不充分，对专项资金的“ 专项性” 不熟悉。
内部控制测评、重要性水平确定与审计风险评估是编制审计方案的三个重要参数. 由于审计机关人力与时间的限制. 审前准备时间受到很大压缩. 专项资金在项目的立项背景、政策制定、资金管理和运作模式、申报批复和验收程序等方面具有专业性和其行业特殊性. 审计人员在审前调查阶段. 主要忙于对上述基本情况的初步收集和专业概念的学习与理解。掌握资金分配分布状况、走访本级资金管理部门了解其相应的控制制度。内部控制测试的任务是检查对既定的内部控制的实际执行情况. 专项资金的逐级性使得穿行测试不完整， 只能取本级一个环节进行测试. 甚至仅是只了解而无测试. 对下级和最终用户的测试实际上根据实施阶段视审计情况而安实际设置是否一致即没有做到。因此重要性水平的确定是根据资金量分布的大小或者以往审计经验， 审计风险评估和控制环境评价也是凭经验泛泛而谈. 没有建立在内部控制测评基础上发表意见， 这样编制出来的审计方案指导性和实操性不强。审计人员甚至对某项专项资金的代表性业务是什么. 其如何运作都不清楚。
( 二) 实质性测试不足. 样本不充分导致审计取证不足以透彻说明问题。
专项资金重在发挥国家扶持和引导示范的作用， 其业务性质、运作方式和效益水平错综复杂。以往我们把审计目标定位在支出方面， 在有限的现场实施阶段花费大量时间查核资金流向及支出.可以说对资金拨付使用的每个环节审计人员都做了细致的测试。样本的抽取和证据的获取相对充分。但由于较少把资金使用效益纳入考核. 忽视效益控制的健全性和有效性考核， 当审计人员需要靠多次观察来获取信息时， 就容易忽视样本量的积累. 以求从小样本中获得数据来寻求总体的相似. 注重样本的共性而忽视其本土性， 即富裕地区与贫困地区所抽样本的控制差异， 没有考虑样本区域不同会导致其代表性不同。因此在判断时往往高估样本结果的可靠性， 以支出的不合理推断制度的有效性， 审计结果多偏重资金使用的路径是否正确.而结果的形成没有足够多的样本量进行分析， 只能就事论事. 提出的管理建议没有实质性的深层次的内容支撑. 显得空洞。由于对控制环节、控制频度、控制手段的实际状况没有取得足够大的样本准确反映事实。我们一直无法回答“ 为什么屡查屡犯” 这个控制有效性的问题. 不能找准问题出在什么环节。
( 三) 审计方法和技术手段相对落后影响审计信息准确。
一是专项资金的审计大多还停留在账项基础审计层面。仍以资金记录为主线， 从账户人手， 倚重传统经验， 从现象推断本质、部分推断总体进行分析判断。这种思维惯性会在审计纵深交错的项目时. 导致不成熟的观点和错误结论产生。甚至无法形成结论。比如目前专项资金在财政部门都已实行报账制或集中支付管理， 相对控制已比较健全，但资金流人项目的施行 环节时。承包人以税务发票报账取得工程款后. 再以分包或材料款、人工费等名义领取现金， 审计人员无从核实现金真实用途. 窘于手段不足会对这种问题采取不发表意见的态度. 实际已形成了审计风险。
二是一项资金涉及几百上千项目甚至千家万户，财政部门和主管部门未设立系统的项目库和信息库， 项目单位也未建立业务信息台帐. 审计设计表格多是闭门造车， 与实际运作不衔接， 表格数据分析利用价值不高。上述各种信息资源的不对称致使审计人员无法利用计算机技术进行分析筛选.转换清理和验证。审计抽样、内部控制测试、风险评估等定量技术方法应用不充分，影响了审计信息的准确性及客观性。
三是专项资金的政策投向主要在基建投资，项目主要T程量的落实需要到现场查勘、丈量、测算、抽样化验，但审计测量工具和手段无法达到专业验证.在大部分审计领域仍采用相当传统落后的验证手法，审计人员的专业知识也不可能面面俱到，导致审计发现的诸如工程预算与结算不符、实际建设与设计不符等问题只能浅表定性。无法收集证据判定是哪个环节没有控制.或者有控制没执行，其产生影响的程度。这些现象的产生既有制度设计本身的缺陷的原因.也有审计人员知识结构和学习提高时间安排不足的原因。
